امام باقر(عليه السلام) با پنج خليفه از خلفاى بنىاميّه معاصر بود كه عبارتند از:1- وليد بن عبدالملك 2- سليمان بن عبدالملك 3- عمر بن عبدالعزيز 4- يزيد بن عبدالملك 5- هشام بن عبدالملك.و همه آنان جز عمر بن عبدالعزيز در ستمگرى و استبداد و خودكامگى دست كمى از نياكان خود نداشتند و پيوسته براى امام باقر(عليه السلام)مشكلاتى فراهم مىنمودند.ولى در عين حال، او از طريق تعليم و تربيت، جنبشى علمى به وجود آورد و مقدّمات تأسيس يك مركز علمى اسلامى را در دوران امامت خود پىريزى كرد كه در زمان فرزند بزرگوارش امام جعفر صادق(عليه السلام) به نتيجه كامل رسيد.روش كار پيشوايان ما به ويژه امام سجّاد و امام باقر(عليهم السلام) كه در اوضاع فشار و خفقان به سر مىبردند به شيوه مخفى و زيرزمينى بود، شيوهاى كه موجب مىشد كسى از كارهاى آنان مطّلع نشود.همين كارهاى پنهانى، گاهى كه آشكار مىشد، خلفا را سخت عصبانى مىنمود در نتيجه، وسايل تبعيد و زندانى آنها فراهم مىشد.سرانجام، امام باقر(عليه السلام) كه پيوسته مورد خشم و غضب خليفه وقت، هشام بن عبدالملك بود، به وسيله ايادى او مسموم شد و در سال 114 هجرى به شهادت رسيد.جنازه آن بزرگوار، كنار قبر پدر بزرگوارش، در قبرستان بقيع، به خاك سپرده شد.