اصول سياست شيخ در زندگي و برنامة كلان او براي بهبود مشكلات موجود و نيل جامعه به رفاه مادي و سعادت معنوي چنين بود: استقلال، قانونمندي و حاكميت اسلام. او «دين» و «سياست» را از يكديگر جدا نميدانست و براي خود - خاصه، به عنوان يك فقيهِ صاحب نفوذ - در عرصة اجتماع و سياست، مسئوليت، آن هم مسئوليتي گران قائل بود. شيخ البته، مستقلاً رساله يا خطابه اي در بارة «نظرية سياسي» خويش و مباني و غايات آن تحرير نكرده است، ولي با كاوش در سخنان وي ميتوان به اصول آرا و نظريات سياسي او (كه مبتني بر شناختي «حكيمانه / فقيهانه» از مباني ديني است) دست يافت و سيماي كلي، اما روشني از آن تصوير كرد. با تأمل در سخنان شيخ، معلوم ميشود كه از نظر او اولاً: اين «سياست» است كه بايستي رنگ «دين» به خود بگيرد و جامهاي متناسب با قد و قوارة دين بپوشد نه بالعكس. درثاني: نظرية سياسيِ شيخ، حاويِ دو جنبة «سلبي» و «ايجابي» (يا مثبت و منفي) است كه وجه سلبيِ آن، خود از دو ركن اساسي تشكيل ميشود: استقلال به معني رهايي از يوغ سلطة فكري - فرهنگي - سياسي - اقتصاديِ بيگانگان (بهويژه استعمار غرب) و عدالت از طريق «مهارِ قانونمندانة» دولت توسط مجلسي مركب از نمايندگان طبيعي اصناف و طبقات جامعه. حاكميت اسلام نيز، به معناي اجراي «موبهمو و بدون تبعيض»ِ احكام اسلامي در جميع شئون، وجهِ «ايجابيِ» سياستِ مطلوب وي را ميسازد.
الف) استقلال (رهايي از سلطة سياسي و فرهنگي غرب)
رهايي از سلطة بيگانه - خاصه استعمار غرب - در همة شئون، هدف اساسي شيخ در دستيابي به ايرانِ آباد و سربلند بود و زندگيش را يكسره وقف مبارزه در راه آن ساخته بود. تقريظ وي بر كتاب «تبشير اندر تبشير» (1314 ق) نشان ميدهد كه حركت در اين راه را مصداق «جهاد في ا» شمرده و «تجارت سودمند دنيا و آخرت» ميدانست.(58)
1. طرد سلطة سياسي استعمار:
چرچيل مدير ادارة شرقي سفارت انگليس، در گزارش به لندن، از شيخ به عنوان «يكي از مجتهدين طراز اول تهران» ياد ميكند كه «از تماس با اروپائيان احتراز ميجويد و از گفتوگو با آنان سر باز ميزند».(59) امتناع شيخ در پايان عمر خويش (به قيمت شهادت) از پناهندگي به بيرق روس، انگليس، هلند و حتي عثماني مهمترين گواه بر روحية مستقل وي و اهتمامش به جلوگيري از دخالت بيگانگان در مقدرات كشور اسلامي است. چنانكه حضور فعال او در جنبش تنباكو و نيز هواداريش از تأسيس بانك ملي در صدر مشروطه، تنها معطوف به اهداف «اقتصادي» نبود و بيش و پيش از آن غايات «سياسي» داشت و نجات ايران از سلطة سياسي غرب را دنبال ميكرد. به همين نمط، ورودش به جنبش عدالتخواهي صدر مشروطه نيز - چنانكه خود در لايحة هيجدهم جمادي الثاني 1325 ق منتشره در حضرت عبدالعظيم(ع) تصريح دارد - به هدف جلوگيري از تحليل رفتن تدريجي كشور در هاضمة قدرتهاي جهانخوار بوده است.(60) فراموش نكنيم يكي از مهمترين علل مخالفت وي با مشروطة وارداتي و هواداران افراطي آن، بستگي آنها به بيگانگان بود: «اي عزيز، اگر مقصود تقويت اسلام بود انگليس حامي آن نميشد و اگر مقصودشان عمل به قرآن بود عوام را گول نداده پناه به كفر [ = سفارت انگليس] نميبردند و آنها را يار و معين و محل اسرار خود قرار نميدادند... اگر بناي آن بر حفظ دولت اسلام بود، چرا يك عضوي از روس پول ميگرفت و ديگري از انگليس»؟!(61) شيخ بهويژه در اواخر عمر، بر سر تجديد مشروطه رسماً با سفارتخانه هاي روس و انگليس در افتاد و درگيريش با آنها بدانجا كشيد كه شاه اعلاميه اي را كه (پس از تجمعِ باغ شاه) روي اصرار شيخ و علما صادر كرده بود، زير فشار شديد سفراي لندن و پطرزبورغ، از كوچه و بازار جمع كرد(62) و شيخ نيز شاهِ مرعوب را به مقاومت در برابر آنها فراخواند.(63) به قول كسروي: «محمدعلي ميرزا در آن ايستادگي كه در برابر... نمايندگان سياسيِ دولتهاي اروپا مينمود، بيش از همه به دلگرمي از پشتيبانيِ» شيخ بود.(64) كشاكش سخت شيخ با روس و انگليس، به ترور وي توسط ايادي انگليس انجاميد و حتي سفارت انگليس، در محاكمة ضاربين دخالت كرده مانع مجازاتشان شد.(65) پس از آن هم به طور لاينقطع رشتة اين درگيري ادامه يافت تا به اعدام وي توسط همان عوامل انجاميد(66) و آرتور نيكلسون سفير انگليس در روسيه به وزير خارجة لندن نوشت: شيخ فضلا براي مملكت خود خطر بزرگي [ !] بود، خوب شد كه ايران او را از ميان برداشت [ !](67)