بیشترتوضیحاتافزودن یادداشت جدید لزوم پاي بندي شاه به طريقة حقة تشيع اثني عشري، نظارت فائقة مجتهدين بر مصوبات مجلس، شرط فقاهت در قاضي و... اصولي بود كه با مجاهدات پيگير شيخ در متمم قانون اساسي گنجانده شد. مرحلة بعدي جريان مشروطيت، با انحلال خونين مجلس شوراي اول و قلع و قمع هواداران مشروطه به دست محمدعليشاه آغاز شد كه افكار عمومي هم - به علت نفرت از هرج و مرج و آشوب فزايندهاي كه جناح تندرو مشروطه در كشور پديد آورده و زندگي را بر همگان مشكل كرده بود - به اقدام شاه سكوت، بلكه مساعدت نشان داد. در اين مرحله، شيخ با استفاده از فرصت پيش آمده، به تحريم مشروطة مطلقه و تلاش براي احياي عدالتخانه (= مجلس شورا با اختيارات و مسئوليتِ «محدود» به حدودِ اصلاح دواير دولتي) برخاست. اقدام مزبور ناشي از آشنايي كامل شيخ با ماهيتِ صحنه گردانان غرب زدة مشروطه و دسايس استعمار در آن برهة حساس بود. تأثير شديد اقليت فراماسون و منحرفِ مجلس اول بر اكثريت مسلمان، اما مشتبه آن سازشِ امثال سردار اسعد (تجديدگر مشروطه) با قدرتهاي استكباري و حمايت صريح روس و انگليس از مشروطه و جناح تندرو آن در دوران موسوم به استبداد صغير و بالأخره يأس شيخ از اصلاحِ غائله به شيوة قانوني و مسالمت آميز او را نهايتاً به درگيري حاد و بيبرگشت با مشروطة وارداتي كشانيد. اين مرحله، چندي پس از انحلال مجلس اول آغاز شد و تا قتل شهيد نوري و ملا محمد خمامي و... و انزوا و تبعيد برخي ديگر از علما ادامه يافت. نكتة قابل توجه اين است كه شيخ، حتي در استبداد صغير نيز مخالف وجودِ مجلس شورا و مشروطه (به معني تحديد استبداد و مهار آن توسط شورايي از عقلاي ملت) نبود، بلكه به قول خود: «مشروطة مشروعه و مجلس محدود» ميخواست، لذا چند روز پس از انحلال مجلس اول، به شاه تأكيد كرد: «مشروطه بايد باشد، ولي مشروطة مشروعه و مجلس محدود، نه هرج و مرج».(118) مخالفت صريح و بي پرواي شيخ با مشروطه و مجلس در اواخر عمر، ممكن است در نگاه ابتدايي نوعي عدول آشكار از (حتي) مواضع پيشين وي (= مشروطة مشروعه) تلقي شود. درحاليكه اگر نيك دقت كنيم، شيخ به مشروطه (در شكل غربي آن) از روز نخست تأملهاي جدي و اصولي داشت و قائل به اصلاحات اساسي (بر وفق اصول و مباني اسلام) در آن رژيم وارداتي بود. علاوه بر آن معتقد بود كه فتنه گران و غوغا سالاران با بلوا آفريني خود، فرصت و امكان اصلاحات قانوني را از دولت و ملت ميگيرند و راه را بر سلطة دشمنان استقلال و آزادي ايران هموار ميسازند. مع الأسف، جناح تندرو با شهر آشوبيهايش در مشروطة اول و بند و بست با روس و انگليس براي براندازي حكومت مركزي در دورانِ موسوم به استبداد صغير، نشان داد كه نگراني شيخ و همفكرانش بي اساس نيست و اسفبارتر آنكه روس و انگليس در اولتيماتومي كه در فترت مزبور (به حمايت از مشروطه) به محمدعليشاه دادند، بر عفو و آزادي عملِ مشروطهخواهانِ تبعيد شده اصرار داشتند و مفهوم اين امر آن بود كه باز بايد بساط تندرويها و بلواگريهاي مشروطة اول تجديد شود و اين چيزي نبود كه شيخ و مصلحانِ همفكر وي، بههيچوجه آن را برتابند. درتوضيح و تأييد آنچه گفتيم (عدمِ عدولِ شيخ از آرمان عدالت و شورا)، بايد خاطرنشان سازيم: شاه در دستخطي كه (پس از تظاهرات باغشاه بر ضد مشروطه) در اواسط دوران استبداد صغير خطاب به شيخ و علما صادر كرد قول داد كه در نشر عدالت و بسط معدلت، دستور العمل لازم را صادر كند و از آنان خواست مردم را از عزم ملوكانه به نشر معدلت و رعايت حقوق رعيت و اصلاح مفاسد به قانون دين مبين اسلام حضرت خاتم النبيين(ص) اطلاع دهند.(119) در پي اين امر نيز، مجلس شوراي كبراي مملكتي در ذي قعدة 1326 ق. گشايش يافت تا به صورت قائم مقام مجلس شوراي مشروطه عمل كند. اعضاي اين مجلس كه حق نداشتند شغل دولتي داشته باشند و در صورت قبول سِمَتِ دولتي بايد استعفا ميدادند، از حقوق مهم و قابل توجهي برخوردار بودند، چون: حق نظارت بر وزارتخانهها و تحقيق و تفحص در امور آنها، احضار و استيضاح و در صورت لزوم محاكمه و عزل وزرا، رسيدگي به شكايت عارضين و سؤال از وزير مربوطه براي احقاق حق آنان، ارائة نظريات اصلاحي، رد لوايح دولتي و لزوم كسب اجازة دولت از آنان براي واگذاري امتيازات خارجي.(120)