جعفر سبحاني رفتار و کردار خليفه سوم با نيکان صحابه، و بذل و بخششهاي بي جاي او، و سپردن کار حکومت به دست افراد ناشايست از بني اميه به قتل وي منجر گرديد و در هيجدهم ذي الحجه سال سي و پنج هجري، در خانه خود وسيله انقلابيون مصري و عراقي با همکاري گروهي از ياران پيامبر کشته شد و حاميان و طرفداران دست اول او، به مکه فرار کردند.انتشار خبر قتل خليفه سوم مسلمانان مدينه و حومه آن را در بهت و حيرت فرو برد و هر فردي درباره زمامدار آينده مسلمانان به گونهاي ميانديشيد و شخصيت هائي از صحابه مانند، طلحه، زبير، سعد وقاص و … خود را نامزد خلافت کرده و بيش از همه، در سرنوشت خلافت فکر ميکردند.انقلابيون فکر ميکردند که بر اثر قتل خليفه، اوضاع مملکت اسلامي در هم ريخته خواهد شد، از اين جهت به فکر افتادند که اين خلاء را به زودي پر کنند و پيش ازبرگزيدن امام و بيعت با وي ، به ميهنهاي خود باز نگردند آنان به دنبال کسي بودند که در اين بيست و پنج سال گذشته نسبت به تعاليم اسلام و سنتهاي پيامبر وفادار مانده باشد و آن کس جز علي (ع) نبود، و غير او خود را به گونهاي به ثروت دنيا آلوده کرده و در جهاتي از نقاط ضعف با خليفه مشترک بودند و طلحه و زبير و افرادي همانند آنان، در دوران خليفه سوم وقت خود را به رسيدگي به امور ملکي و وصول و جمع درآمد املاک و تهيه کاخ در اين شهر و آن شهر مصروف ميکردند و پيوند خود را با سنت رسول خدا (ص) و حتي سنت شيخين بريده بودند.با اين که نام علي بيش از همه بر سر زبانها بود و در ايامي که خانه خليفه از طرف انقلابيون محاصره شده بود امير مومنان يگانه پيام رسان طرفين به شمار ميرفت و بيش از همه کوشش ميکرد که غائله را به گونهاي که مورد رضايت طرفين باشد، خاموش سازد.ـ مع الوصف ـ عواملي که در ايام سقيفه علي را از صحنه عقب زد، همگي (جز جواني و کمي سن) به حال خود باقي بود و اگر اراده نافذ و نيرومند انقلابيون و فشار افکار عمومي در کار نبود، باز همان عوامل، امام را براي بار چهارم از صحنه عقب ميزد. و خلافت را به سوي فردي از شيوخ صحابه ميسپرد و جامعه را از حکومت حقه الهي محروم ميساخت.اگر عثمان به مرگ طبيعي در ميگذشت و اوضاع مدينه عادي بود هرگز شيوخ صحابه که در دوران عثمان صاحب مال و جاه فراوان شده بودند، به حکومت امام راي نميدادند و در شورائي که تشکيل ميشد به ضرر او دسته بندي ميکردند.بلکه بازيگران و تعزيهگردانان صحنه سياست نقشي ايفا ميکردند که کار به شوري نکشد و خليفه وقت را وادار ميکردند که کسي را که آنان ميپسندند، براي خلافت برگزيند، همچنانکه ابوبکر، عمر را براي خلافت برگزيد.اين گروه ميدانستند که اگر امام زمام امور را به دست بگيرد، اموال آنها را مصادره خواهد نمود و آنان را مصدر کار نخواهد ساخت.آنان اين مسأله را به روشني در جبين امام ميخواندند و از روحيات امام کاملا آگاه بودند ـ و لذا ـ وقتي طلحه و زبير را در اداره امور کشور اسلامي دخالت نداد، فورا پيمان خود را شکستند و نبرد خونين به نام جنگ «جمل» به راه انداختند.عواملي که امام را در ايام «سقيفه» از صحنه حکومت عقب زد، عبارت بود از:1ـ کشته شدن بستگان صحابه پيامبر به وسيلهي علي.2ـ عداوت ديرينهاي که ميان بنيهاشم و تيرههاي ديگر بالاخص بني اميه وجود داشت.3ـ سخت گيري علي (ع) در اجراي احکام الهي.اين عوامل پس از قتل عثمان به قوت خود باقي بود به ضميمه عامل نوظهور ديگري که از نظر قدرت تاثير، کمتر از آنها نبود و آن مخالفت عائشه همسر رسولخدا (ص) با امام بود.عائشه در زمان خلافت عثمان يک روزنه سياسي بود، وي مردم را کرارا به ريختن خون عثمان تحريک ميکرد و گاهي پيراهن پيامبر را نشان صحابه ميداد و ميگفت هنوز پيراهن پيامبر کهنه نشده ولي دين او دستخوش دگرگونيها گرديده است.احترامي كه عائشه در ميان مسلمانان داشت، احاديث زيادي که از پيامبر نقل ميکرد، مايه سنگيني سياسي کفهاي بود که وي به آن طرف تمايل ميجست و مايه زحمت آن کسي بود که نسبت به وي مخالفت ميورزيد.علت مخالفت عائشه با علي (ع) امور زير بود:اولا علي در داستان «افک» به طلاق عائشه نظر داده بود.ثانيا فاطمه دختر گرامي پيامبر از علي، چندين فرزند داشت و او از پيامبر فرزندي نياورد.ثالثا عائشه احساس ميکرد که امام از خلافت پدرش ناراضي است و او را غاصب خلافت و فدک ميداند.گذشته بر اين طلحه از قبيله «تيم» عمه زاده عائشه و زبير شوهر خواهر ايشان به نام«اسماء» بود و هر دو نفر براي قبضه کردن خلافت کاملا آمادگي داشتند.گواه روشن بر نارضائي وي از حکومت علي، داستان زير است که طبري آن را نقل ميکند و ميگويد:در حادثه قتل خليفه، عايشه در مکه بود پس از پايان اعمال حج، رهسپار مدينه گرديد. نيمه راه در منطقهاي به نام «سرف» از قتل خليفه و بيعت مهاجر و انصار با علي، آگاه شد از اين خبر به اندازه اي ناراحت گرديد که آرزوي مرگ نمود. گفت اي کاش آسمانها بر سرم فرو ميريخت، سپس از آن نقطه به مکه بازگشت و گفت عثمان مظلوم کشته شد، به خدا سوگند من به خون خواهي او قيام ميکنم، گزارشگر به خود جرات داد و گفت تو تا ديروز به مردم ميگفتي، عثمان را بکشيد او کافر شده است چطور امروز او را مظلوم ميخواني، وي در پاسخ گفت انقلابيون او را تو به دادهاند سپس کشتهاند.انقلابيون با علي بيعت ميکنند.عليرغم اين عوامل که ميرفت امام را براي بار چهارم از خلافت محروم سازد، قدرت انقلابيون که افکار عمومي از آنان پشتيباني ميکرد عوامل منفي را بياثر ساخت و ياران رسولخدا به صورت دستجمعي رو به خانه علي آورند و به او گفتند براي خلافت شخصي شايستهتر از تو نيستابو محنف در کتاب «الجمل» ميگويد:پس از قتل عثمان، اجتماع عظيمي از مسلمانان در مسجد تشکيل گرديد، و مسجد لبريز از جمعيت شد هدف از اجتماع تعيين خليفه بود، شخصيتهاي بزرگي از مهاجر و انصار مانند عمار ياسر، ابوالهيثم بن التيهان و رفاعهبن رافع، و مالک بن عجلان، و ابو ايوب و … نظر دادند که با علي بيعت کنند، و بيش از همه عمار درباره علي سخن گفت و افزود، شما وضع خليفه پيشين را ديديد اگر زود نجنبيد، ممکن است به سرنوشتي مانند آن دچار شويد، علي شايستهترين فرد براي اين کار است و همگي از فضايل و سوابق او آگاهيد و در اين لحظه همه مردم يک صدا گفتند:رضينا به ما به ولايت و خلافت او راضي هستيم در اين موقع همه از جا برخاستند و به خانه علي ريختند.امام نحوه ورود جمعيت را به خانه خويش اين چنين توصيف ميکند:فتداکوا علي فداک الابل الهيم يوم وردها قد ارسلها راعيها و خلعت مثانيها حتي ظننت انهم قاتلي او بعضهم قاتل بعض لدي.آنان بسان ازدحام شتر تشنهاي ساربان عقال و ريسمانش را باز ميکند ورها مينمايد بر من هجوم آوردند من گمان کردم که ميخواهند مرا بکشند، يا برخي ميخواهد برخي ديگر را بکشد.امام در خطبه شقشقيه، ازدحام مهاجر و انصار را در موقع ورود به خانه وي اين چنين توصيف ميکند:مردم مانند موي گردن کفتار بدورم ريختند و از هر طرف به سوي من هجوم آوردند تا آنجا که حسن و حسين زير دست و پا رفتند و طرف جامه و رداي من پاره شد و بسان گله گوسفند اطراف مرا گرفتند و من بيعت آنان را پذيرفتمامام در پاسخ درخواست آنان فرمود من مشاور شما باشم بهتر از آن است که فرمانرواي شما گردم آنان نپذيرفتند و گفتند تا با شما بيعت نکنيم ترا رها نميکنيم، امام فرمود اکنون اصرار داريد، بايد مراسم بيعت در مسجد انجام بگيرد هرگز بيعت با من نميتواند پنهاني باشد و بدون رضايت توده مسلمانان انجام نميپذيرد.امام در پيشاپيش جمعيت به سوي مسجد حرکت کرد، و مهاجر و انصار با او بيعت کرد سپس گروههاي ديگر، به آنها پيوستند نخستين کسي که با او بيعت کرد طلحه و زبير بود، پس از آنان ديگران يک يک دست او را به عنوان بيعت فشردند و جز چند نفر که تعداد آنان از شماره انگشتان بالاتر نيست، همه به امامت و پيشوائي وي راي دادند.و بيعت امام در روز بيست و پنجم ماه ذي الحجه انجام گرفت.