يکي از مراحل مهم تحقيق و خطيرترين آن، مرحله گزينش کتاب و متني است که قصد تحقيق و تصحيح آن در پيش است، به همين دليل مؤسسه، تجهيزات و وقت کافي، جهت اين امر را در اختيار محققان قرار داده است، زيرا ما در مقابل انبوهي از تراث اسلامي قرار داريم که داراي ابعاد گوناگون وغثّ و سمين است، به صورتي که يک اثر شامل مطالب غير مهم و پيش پاافتاده بوده و اثري ديگر حاوي مسائل ارزشمند و متعالي است. بنابراين منابع موجود از پيشينيان داراي مطالب مضر و مفيد و سقيم و سليم است، از اينرو بايد گروهي خبره و متبحّر و صاحب مهارت از اهل فن و متخصصان را برگزيد که با خبرگي و اطلاعات وسيع خويش، اولويتها را براي تحقيق و پژوهش، به صورتي شايسته و صميمي گزينش کنند که نيازهاي جامعه علمي و فرهنگي را برآورده سازد. و از سويي ديگر، آثار و تأليفاتي که موجب انحراف و انحطاط جامعه اسلامي است، از دائره تحقيق و پژوهش و از ميان متون و تراث اسلامي خارج سازند، بنابراين کتاب گزينش شده، بايد براي امت اسلامي مفيد باشد و به استحکام و استواري عقايد جامعه کمک کند.
2 . گروه ارزياب و گردآورنده نسخهها :
پس از انتخاب کتاب موردنظر، گروه ارزياب مؤسسه، جستجوي گسترده خويش را جهت يافتن نسخههاي آن کتاب در فهارس نسخه هاي خطي کتابخانه ها آغاز مي کند و تعداد و شماره نسخه هاي را در ليستهاي مخصوص ثبت ميکند، سپس براي ارزيابي آن نسخ موجود وارد عمل ميشود و نسخه گزينش و ارزيابي شده را که از همه بهتر است انتخاب مينمايد. براي اين کار ضوابط و موازين و ملاکهايي وجود دارد که خبرگان گروه ارزياب و متخصصان فن آنها را به کار ميگيرند و از مهمترين اين ملاکها اين است که نسخه به خط خود مؤلف باشد و يا نزد مؤلف قرائت شده و يا در زمان خود وي استنساخ و مورد تأييد وي قرار گرفته باشد و يا اينکه با نسخه اصل مقابله و يا نزد علما استماع شده و يا از طرف مؤلف صحت آن تأييد گرديده و همچنين تاريخ نسخه و هويت استنساخکننده شناسايي و يا واقف آن در ترجيح و ارزيابي تأثير فراوان دارد. از اين طريق مؤسسه، نسخههاي زيادي از کتابهاي مخطوط و نادر که در نوع خود منحصر بفرد هستند فراهم ساخته است که اصل فضل و دانش و متخصصان فن آنها را تأييد کرده و از نمونههاي آن ميتوان نسخههاي کتابهاي : وسائلالشيعه، مستدرک الوسائل، مستندالشيعه، رياضالمسائل که همگي به خط مؤلفانشان است را مثال زد و همچنين دو نسخه ارشاد شيخ مفيد که از گرانترين و نفيسترين نسخههاي موجود اين کتاب است.