در ضمن تدريس ، در ميان نكته هايى كه از خود ايشان ما استفاده مى كرديم و طبعاً بعضىاز اين نكته ها چيزهايى بود كه ايشان از استادانشان شفاهاً دريافت كرده بودند، بهمطالب بسيار ارزنده و عميق و داراى دقتهاى كم نظيرى برمى خورديم » .آيت الله مسعودى كه خود سالها از درس آيت الله العظمى بهجت بهره برده اند دربارهويژگى تدريس ايشان بهجت مى گويد:« سبك درس ايشان سبك خاصّى است . معمولاً آقايان مراجع و بزرگان در درس خارج يكمساءله اى را مطرح مى كنند و اقوال ديگران را يكى يكى ذكر مى كنند، سپس يكى را نقدمى كنند و ديگرى را تاءييد، و سرانجام يكى از آن نظرات را مى پذيرند، يا نظريّهديگرى را انتخاب مى كنند. ولى ايشان برخلاف همه ،نقل اقوال نمى كنند بلكه ابتدا مساءله را مطرح مى كنند و بعد روند استدلالش را بيان مىكنند. اگر شاگرد آراء علماء را ديده و مطالعه كرده باشد، مى فهمد كه دليلى را كهاستاد ذكر مى كند چه كسى گفته است ، و اشكال يا تاءييدى را كه مى كند مى فهمد بهسخن چه كسى اشكال يا قول چه كسى را تاءييد مى كند. لذا هر كس بخواهد در درسايشان شركت كند بايد مبانى و نظرات آقايان ديگر را ديده باشد. » آيت الله محمّد حسين احمدى فقيه يزدى درباره شيوه درس ايشان مى گويد: « نوعاً ايشانچند مساءله اى يا فرعى را كه عنوان مى فرمودند بعد از توجّه به ظرافتهاى حديث وروايت و يا آيه شريفه اى كه دلالت بر موضوع بحث داشت ، مقايسه اى بين موضوع بحثو ساير بحثهاى مشابه مى نمودند و دقت عقلى و فكرى خاصّى درتعادل آن دو انجام مى دادند، آنگاه نتيجه مى گرفتند كه انصافاً نتيجه علمى و جديد بود.و حقيقتاً مطلبى را كه ذكر مى كردند ناشى از اوج و عظمت ديد و فكرشان بود كه از ائمهعليهم السّلام و اسلام گرفته بود. و اجتهاد صحيح نيز هم اين گونه بحث و تجزيه وتحليل كردن است . »
موعظه در درس
حجة الاسلام و المسلمين قدس امام جمعه كلاچاى كه خود سالها در درس ايشان حضور داشتهاست مى گويد:« روال آيت الله العظمى بهجت اين بود كه پيش از شروعِ درس ، حدود ده دقيقه موعظه مىكرد، ولى نه به عنوان موعظه بلكه به عنوان حكايتحال بزرگان گذشته . و معلوم بود كه منظور اصلى آيت الله مصباح يزدى كه سالها دردرس خارج فقه ايشان شركت مى كردند (15سال )، علاوه بر استفاده علمى ، استفاده از روحيّه ملكوتى آقا بوده است . » آيت الله مصباح در اين باره مى گويد: « آيت الله بهجت گاهى داستانى را يا حديثى رانقل مى كردند كه براى ما تعجّب آور بود ايشان چه اصرارى دارند كه بر مطالب معلومو روشن تكيه مى كنند، از جمله مطلبى كه ايشان در تذكّرات پيش از درس اصرار مىكردند امامت اميرالمؤ منين عليه السّلام بود، ما تعجب مى كرديم كه ما مگر در آن حضرت شكداريم كه ايشان اين قدر اصرار دارند كه دلائل امامت حضرت على عليه السّلام را براى مابيان كنند. يك خورده ته دلمان گله مند بوديم كه چرا به جاى اين مطالب يك چيزهايى كهبيشتر حاجت ماست (در امور اخلاقى و معنوى ) مطالبى را نمى گويند. اما بعد از اين كهبه پنجاه - شصت سالگى رسيديم ، در بسيارى از مباحث ديديم كه آن نكته هايى كهايشان چهل سال پيشتر در درسشان درباره امامت على عليه السّلام ى فرمودند به دردمانمى خورد. گويا ايشان آن روز مى ديد كه يك مسائلى بناست در آينده مورد غفلت و تشكيكقرار بگيرد.شايد اگر توجّه هاى ايشان نبود ما انگيزه اى نداشتيم درباره اينمسائل مطالعه اى داشته باشيم ، حتّى از نكته هايى كه ايشانچهل سال پيش بيان مى كردند امروز بنده در نوشته هايم در موردمسائل اعتقادى يا جاهاى ديگر استفاده كرده ام . »