آيت اللّه بهجت پس از اتمام دوره سطح ، و درك محضر استادان بزرگى چون آيات عظام : آقا سيد ابوالحسن اصفهانى قدّس سرّه ، آقا ضياء عراقى رحمه اللّه ، و ميرزاى نائينى رحمه اللّه ، به حوزه گرانقدر و پر محتواى آيتِ حقّ حاج شيخ محمّد حسين غروى اصفهانى رحمه اللّه معروف به كمپانى وارد شد و در محضر آن علاّمه كبير به تكميل نظريّات فقهى و اصولى خويش پرداخت ، و به يارى استعداد درخشان و تاءييدات الهى از تفكّرات عميق و ظريف و دقيق مرحوم علاّمه كمپانى ، كه داراى فكرى سريع و جوّال و متحرك و همراه با تيز بينى بوده ، بهره ها برد.آيت اللّه محمّد تقى مصباح در باره استفاده آيت اللّه بهجت از استادان خود مى گويد: « در فقه بيشتر از مرحوم آقا شيخ محمّد كاظم شيرازى - كه شاگرد مرحوم ميرزا محمّد تقى شيرازى و از استادان بسيار برجسته نجف اشرف بود - استفاده كرده ، و در اصول از مرحوم آقاى نائينى ، و سپس بيشتر از مرحوم آقا شيخ محمد حسين كمپانى اصفهانى فايده برده بودند، هم مدّت استفاده شان از مرحوم اصفهانى بيشتر بود و هم استفاده هاى جنبى ديگر. »
سير و سلوك و عرفان
آيت الله بهجت ، در ضمن تحصيل و پيش از دوران بلوغ ، به تهذيب نفس و استكمال معنوى همّت گمارده ، و در كربلا در تفحّص استاد و مربّى اخلاقى بر آمده و به وجود آقاى قاضى كه در نجف بوده پى مى برد. و پس از مشرّف شدن به نجف اشرف از استاد برجسته خويش حضرت حاج شيخ محمّد حسين اصفهانى كمپانى استفاده هاى اخلاقى مى نمايد.آيت الله مصباح در اين باره مى گويد:« پيدا بود كه از نظر رفتار هم خيلى تحت تاءثير مرحوم آقا شيخ محمد حسين اصفهانى بودند، چون گاهى مطالبى را از ايشان با اعجابى خاصّى نقل مى كردند، و بعد نمونه هايش را ما در رفتار خود ايشان مى ديديم . پيدا بود كه اين استاد در شكل گرفتن شخصيّت معنوى ايشان تاءثير بسزايى داشته است » .همچنين در درسهاى اخلاقى آقا سيّد عبدالغفّار در نجف اشرف شركت جسته و از آن استفاده مى نموده ، تا اينكه در سلك شاگردان آيت حقّ، عالم ربّانى ، عارف نامى ، نادره روزگار، مربّى نفوس مستعدّه ، حضرت آيت الله ، سيد على قاضى - رضوان اللّه تعالى عليه - در آمده و در صدد كسب معرفت از ايشان بر مى آيد، و در سن 18 سالگى به محضر پر فيض عارف كامل حضرت آيت الله سيّد على آقاى قاضى قدّس سرّه بار مى يابد، و مورد ملاطفت و عنايات ويژه آن استاد معظّم قرار مى گيرد و در عنفوان جوانى چندان مراحل عرفان را سپرى مى كند كه غبطه ديگران را برمى انگيزد.آية الله مصباح مى گويد:« ايشان از مرحوم حاج ميرزا على آقاى قاضى مستقيماً در جهت اخلاقى و معنوى بهره برده و سالها شاگردى ايشان را كرده بودند. آيت اللّه قاضى از كسانى بودند كه مُمَحَّضِ در تربيت افراد از جهات معنوى و عرفانى بودند، مرحوم علامه طباطبايى قدّس سرّه و مرحوم آيت الله آقا شيخ محمّد تقى آملى و مرحوم آيت الله آقا شيخ على محمّد بروجردى و عدّه زيادى از بزرگان و حتى مراجع در جنبه هاى اخلاقى و عرفانى از وجود آقاى قاضى بهره برده بودند. آيت الله بهجت از اشخاص ديگرى نيز گهگاه نكاتى نقل مى كردند مثل مرحوم آيت اللّه آقا شيخ مرتضى طالقانى و ديگران ...خود آقاى بهجت نقل مى كردند: شخصى در آن زمان در صدد برآمده بود كه ببيند چه كسانى سحر ماه مبارك رمضان در حرم حضرت اميرعليه السّلام در قنوت نماز وترشان دعاى ابوحمزه ثمالى مى خوانند، آن طور كه خاطرم هست اگر اشتباه نكنم كسانى را كه مقيّد بودند اين عمل را هر شب در حرم حضرت اميرعليه السّلام انجام بدهند شمرده بود و بيش از هفتاد نفر شده بودند.به هر حال ، بزرگانى كه تقيّد به جهات عبادى و معنوى داشتند در آن عصرها زياد بودند. متاءسّفانه در عصر ما كمتر اين نمونه ها را مشاهده مى كنيم . البته علم غيب نداريم ، شايد آن كسانى كه پيشتر در حرمها اين عبادتها را انجام مى دادند حالا در خانه هايشان انجام مى دهند، و لى مى شود اطمينان پيدا كرد كه تقيّد به اعمال عبادى و معنوى سير نزولى داشته و اين بسيار جاى تاءسف است » .يكى ديگر از شاگردان آقا (حجّة االاسلام والمسلمين آقاى تهرانى ) جريان فوق را به صورت ذيل از حضرت آيت الله بهجت براى نگارنده نوشته است :« شخصى در آن زمان شنيده بود كه در گذشته هفتاد نفر در حرم حضرت اميرعليه السّلام در قنوت نماز وترشان دعاى ابوحمزه ثمالى را مى خواندند، آن شخص تصميم گرفته بود ببيند در زمان خودش چند نفر اين كار را انجام مى دهند، رفته بود و شمارش كرده و ديده بود تعداد افراد نسبت به زمان سابق تقليل پيدا كرده و مجموعاً پنجاه نفر (آن طور كه بنده « تهرانى » به ياد دادم ) در حرم (اعمّ از نزديك ضريح مطهّر، و رواقهاى اطراف ) دعاى ابوحمزه را در دعاى نماز وتر خود قرائت مى كنند.