گروهى از اصوليان و صاحب نظران بزرگ, به نقد و بررسى نظريه محقق خوانسارى پرداخته و هر دو بخش آن را مورد بحث قرار داده اند; يعنى هم برگشت از تعريف مشهور و ارائه تعريف جديدى براى استصحاب را رد كرده و هم اشكال بر استدلال مشهور و اقامه دليل جديد با برداشتى نو از حديث (لاتنقض) را مورد مناقشه قرار داده اند.اكنون به مطلب نخست مى پردازيم كه آيا اشكال بر تعريف مشهور وارد است و بين تعريف جديد خوانسارى و تعريف مشهور ناهمانندى وجود دارد, يا خير؟نخستين كسى كه اشكال را مطرح كرده, خود محقق خوانسارى است. وى, پس از اشكال بر استصحاب مشهور و استدلال بر حجت بودن استصحاب مورد نظر خود, مى نويسد:(فان قلت: هذا كما يدل على المعنى الذى ذكرته كذلك يدلّ على المعنى الذى ذكره القوم لانه اذا حصل اليقين فى زمان فلاينبغى ان ينقض فى زمان آخر بالشك نظراً الى الروايات و هو بعينه ماذكروه؟)اگر بگويى تو: اخبار (لاتنقض) چنانكه بر حجت بودن استصحاب مورد نظر شما دلالت دارند, بر حجت بودنِ استصحاب مشهور نيز دلالت مى كنند; زيرا وقتى در زمانى يقين به چيزى پيدا شد, به حكم اخبار (لاتنقض) نبايد يقين به آن چيز را باشك در بقاى آن, بى اثر كرد و مشهور نيز همين مطلب را ادعا كرده اند.بنابراين فرقى بين استصحاب شما و استصحاب مشهور وجود ندارد و استصحاب, برابر هر دو تعريف اخبار (لاتنقض) را در بر مى گيرند.جناب خوانسارى از اين اشكال پاسخ مى دهد:(قلت: الظاهر ان المراد من عدم نقض اليقين بالشك انه عند المتعارض لايُنقضُ والمرادَ بالتعارض ان يكون شىء يوجب اليقين لولا الشك. وفيما ذكروه ليس كذلك لان اليقين بحكم فى زمان ليس مما يوجب حصوله فى زمان آخر لولا عروض الشك وهو ظاهر.)62مى گويم: (لاتنقض) در جائى به كار مى رود كه آن چيزى كه از بى اثر كردن و شكستن آن بازداشته شده, خود, زمينه و آمادگى ماندن را داشته باشد, به گونه اى كه اگر شكى پديدار نمى شد, آن چيز, شايستگى آن را داشت كه باقى بماند, حال كه شكِ در بقاى آن حاصل شده است, شك در مقام ناسازگارى با يقين, نمى تواند يقين به چيزى كه زمينه و آمادگى ماندن را دارد, بى اثر كند و آن را باطل سازد. ولاتنقض اليقين در چنين جاهايى صادق است.و امّا درمورد استصحاب مشهور, كه تنها علمِ به وجود چيزى در زمان اوّل باشد, بدون اين كه شايستگى بقاى آن به دست آمده باشد, حتى شايد بدون آن كه شك در از بين رفتن آن پيدا شود, خود به خود عمرش به پايان رسيده باشد, در اين مورد, به كار بردن لاتنقض اشتباه است. و تنها يقين به وجود چيزى در زمانى, نمى تواند علت بقاى آن چيز در زمان ديگر باشد. حكمِ به بقا از زمان دوم, نياز به دليل مستقلى دارد.محقق خوانسارى, در حاشيه بر شرح دروس نيز, برابر آنچه سيد صدر در شرح وافيه از او نقل كرده, پس از ردّ تعريف و استدلال مشهور در مسأله استصحاب, مانند اين مطالب را بيان كرده است.63گروهى از فقيهان, مانند سيد صدرالدين قمى, شارح وافيه, آقا باقر وحيد بهبهانى و محقق قمى, نظريه محقق خوانسارى را در مسأله استصحاب مورد اشكال قرار داده اند.