اوضاع خراسان در دوره رياست دينى ميرزا هدايت اللّه بسيار آشفته بود. فقر و جهل بيداد مى كرد. روحيه ايلياتى و انديشه هاى قوم مدارى و نژادپرستى چنان بر جامعه خراسانيان حاكم شده بود كه مجال بسيار اندكى براى فرزانگانى چون ميرزا هدايت اللّه جهت هدايت و ارشاد مردم باقى مى گذاشت. با اين حال ميرزا هدايت اللّه از هر فرصتى براى ايجاد آرامش و دفاع از حقوق محرومان و رشد جامعه گرايى استفاده مى كرد.
حمايت ميرزا هدايت اللّه مجتهد از وحدت ملّى
ميرزا هدايت اللّه با ميانجى گرى و درايت سياسى خود در جريان بازداشت محمدولى ميرزا درحدود سال 1230هـ.ق. از سوى اسحق خان قرائى كه با دخالت رضاقلى خان زعفرانلو و فئودالهاى ديگر محلى داشت به يك غائله بزرگ تبديل مى شد از خون ريزى جلوگيرى كرد. او درجلسه اى كه رضاقلى خان زعفرانلو حاكم قوچان و نجفعلى خان كردشادلو حاكم بجنورد و اسفراين و بيگلرخان چاپشلو حاكم درگز و اسحق خان قرائى و ديگران در آن حضور داشتند. اظهار داشت:(مخالفت با فتحعلى شاه كه در هر ناحيه پسرى فرمانگزار دارد كار ساده اى نيست; اما اكنون كه شما كار را به اين جا رسانيده ايد بهتر است شخصى را به اميرى خود انتخاب نموده تحت فرمان وى به مبارزات خود ادامه دهيد. خوانين خراسان گفتند: اسحق خان بر همه ما سر است. ميرزا هدايت اللّه با هوشمندى گفت: كار به كردار است نه به گفتار. اگر اين سخنان را از در صدق مى گوييد برخيزيد و در برابر او به پا ايستيد. فئودالها كه سخت بر آشفته بودند گفتند: ما را حشمت و حسب و شرافت نسب از اسحق خان بالاتر است ما نمى توانيم خادم او باشيم.)14
با اين سياست فئودالها مشهد را ترك گفتند و اسحق خان در برابر حكومت مركزى سر به فرمان نهاد و نزد محمدولى ميرزا رفت و حكومت خراسان را به او سپرد و در سال 1231هـ.ق. وى اسحاق خان قرائى و پسرش حسن على خان را در مشهد به دار آويخت و اين امر موجب نگرانى خوانين خراسان شد.
بركنارى محمد ولى ميرزا و استاندارى شجاع السلطنه
محمد ولى ميرزا در سال 1232هـ.ق. از استاندارى خراسان بر كنار شد و برادر كوچك تر وى شجاع السلطنه به جاى وى به حكومت خراسان گمارده شد و تا سال 1238هـ.ق. در اين سمت بود و در طول اين مدت توانست شورش فيروزالدين ميرزا حاكم هرات و نيز شورش بنيادخان هزاره اى و فتح الله خان پاركزايى را سركوب كند و به مباركى اين فتوحات بود كه فتحعلى شاه به مشهد آمد و دستور ساختن صحن جديد را صادر كرد. شجاع السلطنه در سال 1238هـ.ق. از حكومت خراسان بركنار و به حكومت قزوين گمارده شد و برادر كوچك تر وى على نقى ميرزا كه حاكم قزوين بود با لقب حجت السلطان به حكومت خراسان گمارده شد.پس از رفتن شجاع السلطنه از خراسان سيد محمد خان كلاتى به دستيارى طايفه هاى ترك بناى تاخت و تاز گذاشت و بر مردم سخت گرفت. ميرزاهدايت اللّه مجتهد به وسيله يكى از شاگردان خود به نام ملا قربان او را اندرز داد و سيد محمدخان از اندرزها و پندهاى وى اثر پذيرفت و از شورش دست برداشت.