بعضى نيز آورده اند: تيمور نسقچى يكى از افسران نادرميرزا او را مجروح كرد و خود نادر ميرزا با چكمه چند لگد به سينه و پهلوى سيد نواخت.9
سيد پس از دو روز در 13 رمضان 1218 به شهادت رسيد و در رواق پشت سر مبارك دفن شد10 و به جهت جايگاه بلند علمى و معنوى به عنوان (شهيد چهارم) شهرت يافت.11 برخى از شعراى آن دوره از جمله ميرزا عابد در مدح او قصايدى انشاد كردند كه در (شجره طيبه) گردآمده است.12
وقتى ميرزا مجروح شد مردم دروازه ها را به روى قواى مركز باز كردند و نادر ميرزا در اواخر ذيقعده 1218 به دست محمد ولى ميرزاى قاجار فرمانرواى خراسان در چناران دستگير و در اواخر ذيقعده به تهران روانه شد و به دستور فتحعلى شاه زبانش را به جرم اين كه دستور ضبط اموال آستان قدس را داده بود بريدند و چشمانش را كه به اموال حرم دوخته بود از حدقه در آوردند و دستانش را كه به خون ميرزا مهدى آغشته بود از مرفق جدا ساختند. با مرگ او دوره نادرى درخراسان به بسر آمد.
محمد ولى ميرزا نخستين استاندار خراسان
محمد ولى ميرزا پسر چهارم فتحعلى شاه نخستين حاكم قاجار است كه در سال 1218هـ.ق. و پس از به هلاكت رسيدن نادرميرزا به استاندارى خراسان گمارده شد و تا سال 1232 به مدت 14 سال زمامدار امور اين خطه بود. در دوره وى (تراكمه) مدام به سرزمين خاوران مى تاختند و مردم را از دم تيغ مى گذراندند و اموال آنان را به يغما مى بردند.ولى پايداريهاى سردار حسين خان قزوينى كه فرماندهى لشكر خراسان را از سوى پادشاه قاجار به عهده داشت موجب شد كم كم امنيت بر اين استان پهناور و آشوب زده حاكم شود. البته اين امنيت تنها با تدبير و تلاشهاى محمدولى ميرزا با سردار
حسين خان قزوينى به دست نيامده بود; زيرا آنان بالاترين كارى كه مى توانستند انجام دهند سركوب يورش گران به خراسان و امن كردن اين خطه بود امّا امنيت داخلى به وفاق ملى و حاكميت قانون نياز داشت و اين دو با وجود روحانيان فرزانه و فرهيخته امكان پذير بود. با وجود فرزندان نامدار ميرزا مهدى شهيد: ميرزا هدايت اللّه مجتهد (1178 ـ 1248هـ.ق.) حاج ميرزا عبدالجواد و ميرزا داود و تنى چند از هم روزگارانِ كاردان آنان خلأ ياد شده پر شد. محمد ولى ميرزا خود از تحصيل كردگان مكتب اين مردان بزرگ و عالمان عامل بود و به نفوذ معنوى آنها باور داشت.13
رياست دينى ميرزا هدايت اللّه مجتهد
پس از شهادت ميرزا مهدى پسر بزرگ وى ميرزا هدايت اللّه مجتهد متولد رجب 1178هـ.ق. كه در فقه حكمت كلام و علوم رياضى تخصص داشت رياست عامه خراسان را به عهده گرفت.در تاريخ جهان آرا آمده است:
(مرصع اهدايى فتحعلى شاه قاجار به دست وى به ضريح مطهر نصب شد.)