سيد عليمحمد پس از ادعاي بابيت ظاهرا عازم مكه شده و پس از بازگشت از مكه به بوشهر وارد گرديد و اولين فرمان خود را صادر نمود چنانچه در تلخيص تاريخ نبيل زرندي آمده است:«باب در مراجعت از مكه در بوشهر چند روزي اقامت كرد، دستوراتي به قدوس (محمد علي بابكي يكي از گروندگان باب) در رسالهاي به نام خصايل سبعه داد كه آن را به شيراز ببرد كه از جمله دستورات اين بود: (بر اهل ايمان واجب است در اذان نماز جمعه جمله اشهد انّ عليّاً قبل نبيل ـ كه به حساب ابجد نبيل 92 است و محمد هم 92 ـ باب بقية اللّه را اضافه كنند)... و آيتي نيز در كواكب الدريه مينويسد:«باب نزد خانه كعبه داعيه خود را علني نموده بدين نغمه بديعتاً تغني نمود: «انا القائم الذي تنتظرون» من همان قائم هستم كه انتظار او را ميكشيد».و در كتاب ظهور الحق مينويسد:«سيد باب به عبدالخالق يزدي مينويسد: «انا القائم الذي كنتم بظهوره تنتظرون» در اثر اين ادعاها و ظاهر كردن چنين كلماتي سيد عليمحمد تحت تعقيب حكومت بوشهر قرار گرفت و پس از دستگيري او را روانه شيراز كردند تا در حضور علما در مسجد وكيل و در حضور امام جمعه شيراز دعاوي خود را انكار نمود. كتاب تلخيص تاريخ نبيل زرندي واقعه را چنين توصيف ميكند:«حضرت باب در حضور امام جمعه رو به جمعيّت كرد و گفت: «لعنت خدا بر كسي كه مرا وكيل امام غايب بداند، لعنت خدا بر كسي كه مرا باب امام بداند، لعنت خدا بر كسي كه بگويد من منكر وحدانيّت خدا هستم، لعنت خدا بر كسي كه مرا منكر نبوت حضرت رسول بداند، لعنت خدا بر كسي كه مرا منكر انبياء الهي بداند. لعنت خدا بر كسي كه مرا منكر اميرالمؤمنين - عليه السلام - و ساير ائمه اطهار بداند».و همچنين در مجلدات آخر روضة الصفا هدايت اين گونه مينگارد:«روي او را سياه كردند و به مسجد وكيل بردند و او اظهار توبه و انابه كرد و بر خود لعن نمود و پاي جناب فضايل مآب شيخ امام جماعت را بوسيد و استغفار كرد».ولي در رساله سياح كه نوشته عباس افندي (عبدالبهاء) است به صورت مجمل چنين وارد شده است:«بر منبر نوعي تكلم نمود كه سبب سكوت و سكون حاضران و ثبوت و رسوخ تابعان گرديد».سفر سيد عليمحمد به اصفهان و روانه كردن او به تهرانپس از آن كه در مسجد وكيل شيراز توبه نامه خود را ابراز داشت چون توجه زيادي نسبت به مراقبت از او نميشد با تماس مخفيانهاي با حاكم اصفهان كه شخصي به نام منوچهر خان گرجي بود از شيراز گريخته و به اصفهان رفت و ادعاهاي سابق خود را ادامه داد.و اما درباره منوچهر خان، مهدي قلي خان زعيم الدوله تبريزي در كتاب باب الابواب چنين مينويسد:«ظاهرا مسلمان شدند و در باطن بدين مسيحي خود باقي بودند، چنين است شيوه اكثر مسيحياني كه در امور دول اسلامي دخالت ميكنند، براي رسيدن به مطلوب خود و گرفتن انتقام خونهايي كه از نژاد آنان بدست مسلمين ريخته شده است و ريختن تخم فتنه و فساد در ميان مسلمين ظاهرا مسلمان ميشدند و در حقيقت جاسوس دول مسيحي و شمشير برنده و آلت كوبنده دست آنها هستند ولي امراء اسلام از آنها غافل و به مكر و حيله آنان جاهلند، اين حقيقتي است كه از مراجعه و تتبع تاريخ دولتهاي اندلس و عثماني معلوم ميشود».از تاريخ چنين بر ميآيد كه منوچهر خان (معتمد الدوله) و برادرش كه هر دو از مسيحيان بودند در ظاهر از دين خويش برگشته و اظهار مسلماني كردند و پستهايي را به خود اختصاص دادند و اين مطلب را ميرزاجاني كاشاني در نقطة الكاف چنين مينگارد:«خلاصه آن كه مرحوم معتمد الدوله جان و مال و ايمان خود را در راه آن سلطان ممالك (سيد عليمحمد) داد اما ايمانش را به اين معني كه ظاهرا اگر چه قبول اسلام نموده بود ولي چونكه به سرّ اسلام بر نخورده بود لهذا سرّا هم از دين قبلي خود (مسيحيت) منقطع نگرديده».و اما اين كه چگونه او و برادرش به اين پستها حائز آمدند را (كينياز دالگوركي) سفير كبير روسيه در ايران در عصر قاجار در اعترافات خود كه در مجله شرق به عنوان يك نفر سياسي روحاني در اوت 1924 و 1925 چاپ شد اين گونه توضيح ميدهد:«بحدي نفوذ ما در دربار ايران زياد شد كه هر چه ميخواستيم ميكرديم و بحدي من خودماني شده بودم كه در هر محفل و محضر مرا دعوت ميكردند، من هم واقعاً مثل آخوندهاي صاحب نفوذ در امور دخالت ميكردم ... . باري هر يك از وزرا و امراي دولتي كه مناسبات آنها با ما خوب بود صاحب شغل خوب ميشدند. حكومت فارس كه با فيروز ميرزا بود به منوچهرخان معتمد الدوله واگذار و پشتكاري فارس به او شد. و اللّه وردي بيك گرجي كه محرم بود مهرداد همايوني گرديد».و در نوشتههايش راجع به آمدن سيد عليمحمد به اصفهان اين طور مينويسيد:«همين كه به من اطلاع رسيد كه (باب) وارد اصفهان شده يك نامه دوستانه به معتمد الدوله حكمران اصفهان نوشتم و سفارش سيد (باب) را نمودم كه از دوستان من و داراي كرامت است! از او نگهداري كنيد. الحق معتمد الدوله چندي از او خوب نگهداري كرد».در اين هنگام طرفداران سيد عليمحمد به بهانه حمايت از او در چند شهر دست به آشوبهايي زدند و موجب درگيريهايي با شيعيان شدند، بنابراين حكومت وقت به منوچهرخان اعلام نمود كه سيد را دستگير كرده و به تهران روانه كند و او نيز با حيله خاصي سيد عليمحمد را از اصفهان خارج كرده و ظاهرا به تهران روانه كرد ولي باز مخفيانه او را به اصفهان برگرداند و شش ماه در عمارت خورشيد از او حفاظت كرد. در تاريخ نبيل زرندي حيله منوچهر خان را به اين صورت توضيح ميدهد:«پانصد سوار را مأمور كرد با حضرت باب! هنگام غروب آفتاب از اصفهان خارج شوند و به تهران عزيمت نمايند. ضمناً به رئيس سواران دستور داد كه پس از طي هر فرسنگي صد سوار را به اصفهان برگرداند و از بيست نفر آخر ده نفر را كه مورد اعتماد هستند نگه دارد و ده نفر ديگر را براي جمع آوري ماليات مأمور كند و آن ده نفر باقي مانده كه مورد اعتماد بودند از راه غير معمولي به طوري كه كسي نفهمد باب را به اصفهان برگردانند و طوري بيايند كه قبل از طلوع صبح وارد شهر بشوند». ولي اين وضع به زودي دگرگون شد و با فوت منوچهرخان حاكم جديد تصميم گرفت كه سيد عليمحمد را روانه تهران كند، دالگوركي با اظهار تأسف از اين جريان مينويسد:«از بدبختي سيد، معتمد الدوله مرحوم شد! بيچاره سيد را گرفتند و به تهران روانه كردند، من هم بوسيله ميرزا حسينعلي (بهاء) و ميرزا يحيي (صبح ازل) و چند نفر ديگر در تهران هوو و جنجال راه انداختيم كه صاحب الامر را گرفتهاند لذا دولت او را از كنار گرد روانه رباط كريم نموده و از آن جا به ماكو بردند ولي دوستان من آنچه ممكن بود تلاش كردند و جنجال راه انداختند».