امام خميني به همان اندازه كه نگران اتّحاد نيروهاي خارج از ايران بود به همان اندازه هم به استحكام پايگاههاي درون كشور ميانديشيد. به اين منظور او عناصر تشكيل دهندؤ قبلي انقلابي را ابقأ نموده و با روحانيوني كه به او ملحق نشده بودند به مخالفت برخاسته و سرانجام اعضاي جديدي را ازميان روحانيون جوان در جهت اهدافش انتخاب كرد. در نامهاي به مطهري دستوراتي را در جهت هوشيار نگهداشتن نيروهاي داخلي با توجه خاص به دانشجويان قم صادر نمودند.امام خميني اظهار اميدواري نمودند كه در آينده روحانيت به وحدت خواهند رسيد. علمأ به خواست خدا به اندازؤ كافي متنبّه شده و راهشان را عوض كردهاند. اميدوارم كه مردم به اين مساله توجه نمايند و اختلافات و چند دستهگيها يا كلاً از بين رفته يا فروكش نمايد.در نامؤ ديگري كه امام به حجتالاسلام سعيدي در تاريخ 5 نوامبر بصورت سرّي فرستادند، اشاره به شبكههاي تبليغاتي گسترده در مساجد نمودند. امام خميني درمورد مساجد به آقاي سعيدي نوشتند: "من از قبل اطّلاع يافتهام؛ گزارش شده است كه كساني براي مسجد سيد عزيزاللّه معيّن شدهاند. امّا من از موثّق بودن گزارش مطمئن نيستم. نكته اين است كه با وجود اين، نبايد مقابله به سادگي ترك شود." حجتالاسلام سعيدي دريافت كنندؤ نامه در سال 1970 به وسيلؤ پليس شاه به قتل رسيد كه نشاندهندؤ حركات زيرزميني بود كه از اوائل سال 1968 در مساجد محلي براي حمايت از امام خميني سازمان يافته بود. در همان نامه، امام خميني با اختلافات زياد بين پيروانش مخالفت نمودند: "من نميدانم با اين افراط گرايي در آنها و اين سستي ما، عاقبت چه خواهد شد؟"او از "اختلاف در خانه" شكايت داشت. منظورش در حوزؤ علميؤ قم بود. او فرصتهاي تاريخي از دست رفته را به آقاي سعيدي خاطرنشان نمودند: نياكان بسيار صالح و متّقي ما كه رحمت خدا بر آنان باد يك فرصت طلايي را در زماني كه رضا شاه شرور مملكت را ترك نمود، از دست دادند. فرصتهاي بسيار ديگري هم بودند كه از دست رفتند تا اينكه اين بدبختيهاي كنوني ظاهر شدند. تا زماني كه اين شجرؤ خبيثه باقي است، اميدي نيست.