با آمدن مأمون از خراسان، ميبايست اين سرزمين مهم كه تا آن زمان دو بار تحوّلاساسي در دنياي اسلام پديد آورده بود، به شخصي لايق سپرده شود. شايد مأمون،ترديدهايي دربارة انتخاب طاهر داشت واز اين كه طاهر به سمت استقلال خواهيبرود، در انديشه بود؛ اما به هر روي، طاهر فردي قدرتمند بود وميتوانست هر نوعشورشي را در خراسان سركوب كند. مأمون راه حلي براي اين در نظر گرفت وآناين كه مراقبي مورد اعتماد همراه او فرستاد تا در صورت تخطّي از دستورات وي،طاهر را به قتل برساند.مأمون امارت تمامي مشرق اسلامي را از بغداد تا دورترين نقطه به طاهر سپرد.افزون بر آن، سمت شَحْنگي بغداد ومناطق اطراف آن را كه از پيش داشت، براي اونگاه داشت.گفتهاند، مأمون به رغم همة احترامي كه براي طاهر قائل بود، به دليل آنكه قاتل بردارش امين بود، نميتوانست او را در برابر چشمان خود ببيند. به همينخاطر طاهر، از احمد بن ابي خالد، وزير خليفه، خواست تا زمينة رفتن او را بهخراسان فراهم كند.مأمون ابتدا سخن از احتمال شوريدن وي داد، اما به هر رويپذيرفت.چندي بعد از آن كه طاهر به خراسان رفت، در سال 206، مأمون امارت شهر رقّهرا كه از آن طاهر بود، به فرزندش عبدالله سپرد. دليل اصلي اعزام عبدالله به سويرقه، سركوب شورش نصر بن شَبَث بود.رفتن طاهر به خراسان از سه جهت مهم بود:1 ـ خراسان با داشتن اميري لايق از شورش محفوظ ميماند.2 ـ طاهر پاداش مناسب خويش را در برابر سرنگوني امين وسپردن خلافت بهمأمون دريافت ميكرد.3 ـ طاهر كه با كشتن امين، نزد عباسيان مبغوض شده بود، با رفتن به خراسان، ازچشم آنها دور ميشد.تنها يك مشكل وجود داشت وآن احتمال شورش طاهر بر مأمون بود. در اين كهآيا طاهر در فكر استقلال بوده يا نه، ترديدهايي وجود دارد. شاهد حركت استقلالخواهي وي، سكّههايي است كه از سال 206 از طاهر برجاي مانده است. بر روي اينسكهها كه در خراسان ضرب شده، نامي از خليفة عباسي ديده نميشود.همچنين گفته شده است كه وي نام مأمون را از خطبة نماز جمعه بيانداخت.كلثوم بن ثابت كه خود پاي خطبة نماز بوده ميگويد، بلافاصله پس از آن، به دليلداشتن شغل بريد ـ پست امروزي ـ خبر آن را به مأمون نوشتم؛ اما عصر همان روز،طاهر درگذشت. اخباري در اشاره به دست داشتن مأمون در قتل طاهر در منابعتاريخي آمده است؛ اما هيچ گاه روشن نشد كه آيا اين خبر درست است يا آن كهطاهر به مرگ طبيعي درگذشته است.از دوران حكمراني طاهر بر خراسان آگاهي خاصي نداريم؛ چرا كه اساسا ايندوران بيش از يك سال ونيم نبوده است. تنها بايد اشاره كرد كه وي براي همة بلادحاكماني تعيين كرد وازجمله سيستان را كه منطقة پر آشوبي بود، به فرزندشطلحهسپرد.بلافاصله پس از طاهر فرزندانش، عبدالله وطلحه، تمامي مناصبش را در عراق وخراسان به دست آوردند. گفته شده است كه حكومت خراسان در اصل به عبداللهسپرده شد وچون نميتوانست عازم خراسان شود، برادرش طلحه به نيابت از اوحكمراني خراسان را عهدهدار شد. اين نشان ميدهد كه اعتماد كامل ميان عباسيانوطاهريان برقرار بوده است. بعدها خبري كه نشان از مشكوك بودن مرگ طاهرواعتراض طاهريان به عباسيان در