كانت الليلة الرابعة قدّمت إليه مائدةفيها طعام مسموم، فرفع رأسه (عليه السلام)إلى السماء وقال: يا رب! إنّك تعلم أنّي لوأكلت قبل هذا اليوم مثل هذا الطعام كنتأعنت على نفسي، واليوم ليس لي بدّ منها،فأكل ومرض، فلمّا كان من الغد بعثوا إليهبالطبيب فرفع كفّه إليه وقال (عليهالسلام): هذه علّتي وكانت خضرة في راحتهتدلّ على أنّه سمّ، فانصرف الطبيب إليهموقال: والله لهو أعلم بما فعلتم به منكم،ثمّ انتفخ بطنه واصفرّ لونه ومات مسموماً.
فلمّا مات أخرجوه ووضعوه على الجسرببغداد ونودي: هذا موسى بن جعفر الّذي تزعمالرافضة أنّه لا يموت فانظروا إليه. ونوديعلى جسد الحسين (عليه السلام)يوم الحاديعشر من المحرم: يا قوم! من ينتدب للحسينفيوطىء الخيل صدره وظهره الخ.
نقل عن كتاب الفرق للشيخ أبي محمّد الحسنبن موسى النوبختي قال في تاريخ وفاةالإمام موسى بن جعفر (عليه السلام): ويقالفي رواية أخرى أنّه دفن بقيوده، وإنّهأوصى بذلك ليخاصمهم يوم القيامة كما أوصىحجر بن عدي بذلك، قال لمن حضره من قومه: لاتطلقوا عنّي حديداً، ولا تغسلوا عنّيدماً، فإنّي لاق معاوية على الجادة، وقصةحجر بن عدي قد ذكرناها في كتابنا المسمّىبـ«شجرة طوبى» فليراجع هناك.