كان أبو بكر يحترم مكانة الإمام(عليه السلام) العلمية ، وكان يشيد به ويعترف بحقّه وفضله ، وكان يمدحه في كثير من المواقف ومن أقواله في حقّه : «من سرّه أن ينظر إلى أعظم الناس منزلة من رسول الله(صلى الله عليه وآله)وأقربه قرابة ، وأفضله دالّة ، وأعظمه غناءً عن نبيّه فلينظر إلى هذا»15 .
وكان يلتجأ إليه في المسائل المستعصية ، سأله اليهود فأجابهم ، ثمّ سألوه عن رسول الله(صلى الله عليه وآله) فقال : «ولكنّ الحديث عنه شديد وهذا عليّ بن أبي طالب» فأرسلهم إلى الإمام علي(عليه السلام) فأجابهم16 .
وسأله ملك الروم عن مسائل فأخبر بذلك عليّاً فأجابه ، وأراد أن يقيم الحدّ على شارب خمر ، فقال الرجل : إنّي شربتها ولا علم لي بتحريمها ، فأرسل أبو بكر إلى الإمام يسأله ، فقال : مرّ نقيبين من رجال المسلمين يطوفان به على المهاجرين والأنصار وينشدانهم : هل فيهم أحد تلا عليه آية التحريم؟ ففعل ، ثمّ خلّى سبيله ولم يحدّه17 .