از هنگام بناى مسجد براى ورود و خروج در چهار سمت آن درهايى قرار داده شد كه عبارت بودند از:
1 ـ «باب المسكيه» بخاطر بوى مشكى كه از سر حضرت اباعبدالله(ع) ـ كه بر اين دروازه گذاشته بودند ـ به مشام مى رسيد معروف بود.
2 ـ «باب العماره» نيز محل ورود حضرت زينب و اسراى كربلا بوده است. گويند آن معصومه از اين دروازه تا مصلا و محراب مسجد شش مرتبه از فرط خستگى و شدت مصيبت بر زمين نشستند.
3 ـ باب النوفره، به محله قديمى شام منتهى مى شد و گويند سر شهداى كربلا از اين در وارد مسجد شده است.
4 ـ باب الخلفاء نيز به مناسبت ورود خلفاى اموى به داخل مسجد ناميده شده است.