اندكـى پـس از هجرت آيه الله العظمـى حاج شيخ عبد الكريـم حايرى يزدى ـ رحـمه الله عليه ـ ( نـوروز 1300 هـجـرى شمسـى, مـطابق بـا رجب المـرجب 1340 هجـرى قمـرى ) امام خمينى نيز رهـسپار حـوزه علميه قـم گرديد و به سرعت مراحل تحصيلات تكميلى علوم حـوزوى را نزد اسـاتيد حـوزه قـم طـى كرد. كه مـى تـوان از فرا گرفتـن تـتـمـه مباحث كـتاب مطـول ( در علـم معانى و بيان ) نزد مرحوم آقا مـيـرزا محمـد علـى اديب تهرانـى و تكميل دروس سطح نزد مرحـوم آيه الـله سيد محمد تقـى خـوانسارى, و بيشتر نزد مرحـوم آيه الـله سـيـد عـلى يثربى كاشانى و دروس فـقـه و اصـول نزد زعيـم حـوزه قـم آيـه الـله العظمى حاج شيخ عبدالكريـم حايرى يزدى ـ رضـوان الـلـه عليهـم نام برد .
پـس از رحلت آيه الله العظمـى حـايـرى يزدى تلاش امـام خمينـى به همراه جمعى ديگر از مجتهديـن حـوزه علميه قـم به نـتيچـه رسـيـد و آيه الله العظمـى(رض) به عنـوان زعـيـم حـوزه عـلمـيـه عازم قـــم گـرديـد. در اين زمان, امام خمينـى به عـنـوان يـكـى از مـدرسيـن و مجتهديـن صـاحب راءى در فـقـه و اصـول و فلسفه و عرفــان و اخلاق شناخته مى شد . حضرت امام طى سالهاى طولانى در حوزه علميه قـم به تدريـس چنديـن دوره فقه, اصـول, فلسفه و عرفان و اخـلاق اسـلامى در فيضيه, مسجـد اعظم, مسجـد محمـديه, مـدرسه حـاج ملاصـادق, مسجد سلماسى, و ... همت گماشت و در حـوزه علميه نجف نيز قريب 14 سال در مسجـد شيخ اعطـم انصــــارى (ره) معارف اهل بـيت و فـقـه را در عاليترين سطـوح تدريـس نمود و در نجف بـود كه بـراى نخـستـيـن بار .مبانـى نظرى حكـومت اسلامـى را در سلسله درسهاى ولايت فـقيه بازگـو نمود