يكى از پايگاههاى اصلى براى تدريس آقايان اساتيد حوزهمباركه علميه، محدوده حرم شريف و مسجد بالاسر و صحن مقدّس و حجرات آن است. اين جريان از ديرزمان تا كنون ادامه داته و برنامهاى رايج و داير بوده است، هرچند مراكز مجهّزى براى تدريس - مخصوصاً به لحاظ عدم مزاحمت سروصدا آماده گرديده و در اين سالها دروس بسيار مهم و پرجمعيّت به آن مراكز سه گانه (60) منتقل شده، ليكن درس گفتن و درس خواندن از محدوده حرم شريف منقطع نگرديده و همواره درسهايى برقرار است. در سابق كه مهمترين درسها در همين مركز باقداست برگزار مىشده است، مثلاً درس مؤسسحوزه، مرحومآيتاللَّهالعظمىحايرى اعلىاللَّهمقامه در مسجد بالاسر و قبةالعلماء بوده كه بعد هم در همانجا دفن شدند.
نيز محلتدريس مرحوم آيتاللَّهالعظمى آقاىسيّدمحمّدحجت كوهكمرى رضواناللَّهعليه، در صحن شريف و مسجد بالاسر بوده است و هماكنون عكسى موجود است كه آن بزرگوار را بر كرسى تدريس در صحن مطهّر و كنار ايوان ساعت، نشان مىدهد.
مركز درسى زعيمبزرگاسلام، مرحومآيتاللَّهالعظمىآقاىبروجردى، بدواً تا ساليان سال در مسجد بالاسر و در تابستان، صحن شريف بوده است. عكس آن بزرگ مرد در حال تدريس، برفراز منبر درس، در كنار ايوان ساعت، موجود و در كتابهاى منعكس شده است، البته در سالهاى آخر عمر شريفشان كه شبستان عالى مسجد خودشان آماده شده درسشان را بدانجا منتقل كردند.
مرحوم آيتاللَّهالعظمى آقاىگلپايگانى قدّسسرّه بعد از ارتحال سيدالطائفه آقاى بروجردى قدّسسّره درس خارج خود را از منزل و از مسجد امام حسن عسكرى عليهالسّلام به مسجد بالاسر در زمستان و به صحن مطهّر در تابستان منتقل كردند و عكسهاى متنوّع، آن بزرگمرد را در كنار ايوان ساعت بر كرسى درس و در حال تدريس، نشان مىدهد و در بعضى از اين تصويرها صورت سنگ قبرهاى صحن نيز كه قبل از بازسازى صحن شريف بوده، پيداست و به خوبى مشخص است.
بارى، اين جريان ادامه داشت تا وقتى كه بر اثر ازدحام طلاب و فضلا و شاگردان و جهاتديگر، درس خود را منتقل به سالن بزرگ غربى مسجد اعظم كردند. مرحوم آيتاللَّهالعظمى آقاى مرعشى رضواناللَّهعليه در مسجد بالاسر حضرت معصومه سلاماللَّهعليها تدريس مىكردند و تا پايان عمر، اين برنامه را ادامه دادند و عكسهاى موجود است كه ايشان را در حال تدريس در آن مكان مقدّس، نشان مىدهد.