از اموري كه هرگز نبايد آن را فراموش كرد، و نيز بايد آن را از افتخارات زندگي درخشان امام خميني"ره" دانست، تحول عميق در ابعاد گوناگون است كه توسط امام خميني"ره" در حوزه علميه قم و سپس در حوزه هاي ديگر، به وجود آمد.
آن بزرگمرد، حوزه را از زير حجاب تحجر و سطحي نگري نجات داد. حوزه اي كه از واژه سياست، يا عرفان، وحشت داشت، سردمدار سياست گرديد و به عرفان حقيقي در كنار فقه، روي آورد.
او طلبه ها را از گوشه انزوا بيرون كشيد، و به عصرهاي جهاد وشهادت، سياست و عرفان وارد ساخت، و در جهات مختلف، حتي در جهت تغيير فرهنگ ادبيات حوزه، منشأ خيرات و بركات بسيار گرديد. او در ضمن نامه اي خطاب به حوزويان تحول يافته مي نويسد:
"سلام بر حماسه سازان هميشه جاويد روحانيت، كه رساله علميه و عمليه خود را به دم شهادت و مركب خون، نوشته اند، و بر منبر وعظ و خطابه ناس، از شمع حياتشان گوهر شب چراغ ساخته اند، افتخار و آفرين بر شهداي حوزه و روحانيت كه در هنگامه نبرد، رشته تعلقات درس و بحث و مدرسه را بريدند، و عقال تمنيات دنيا را از پاي حقيقت علم برگرفتند و سبكبالان به مهماني عرشيان رفتند، و در مجمع ملكوتيان، شعر حضور سروده اند.
آنان كه حلقه ذكر عارفان و دعاي سحر مناجاتيان حوزه ها و روحانيت را درك كرده اند، در خلسه حضورشان، آرزويي جز شهادت نديده اند".(131)
عنايت حضرت امام خميني"ره" به رونق حوزه به حدي بود كه در اشعاري خطاب به امام عصر(عج) چني گويد: حوزه علميه قم را علم فرما به عالم
روكند بر دشمنانت هر بهاري چون خزاني(132) آن بزرگمرد، بذر سير وسلوك و عرفان بر اساس عشق(نه علم منهاي عشق) را در قلوب حوزويان كاشت، به طوري كه اين بذر در سطح وسيعي شكوفا شده و ثمر بخشيد.
او كتاب هاي: اسفار، فتوحات مكيه، فصوص الحكم ومصباح المنبر را وسيله اي به سوي همين عشق قرار داد، نه آنكه در اصطلاحات اين كتاب ها، غرق شود، و از پرواز غافل گردد، او در اين راستا مي گود:
در جواني سرگرم به مفاهيم و اصطلاحات پرزرق و برق شدم، كه نه از آنها جمعيتي حاصل شد، نه حال،"اسفار اربعه" با طول و عرضش، از سفر به سوي دوست بازم داشت، نه از"فتوحات" فتحي حاصل شد، و نه از"فصوص الحكم" حكمتي دست داد، تا چه رسد به غير آنها.
از فتوحات نشد فتحي و از مصباح نوري هرچه خواهم در درون جامه آن دلفريب است(133)
و در پاسخ به يكي از بانوان از بستگانش كه از او خواسته بود تا چند كتاب عرفاني را به وي معرفي كند، فرمود:"دخترم! در دفع حْجْب كوش، نه در جمع كُتُب."
به اين ترتيب امام خميني"ره" كتاب هاي عرفاني را اگر وسيله وصول به حق باشند، نور مي دانست و گرنه، آن را حجاب سر راه تكامل.
آري او همه دانش پژوهان، به خصوص را به عبور از پوست به مغز فراخواند و آنها را به تحول و دگرگوني عميق به حركت درآورد. به گفته شمس مغربي: