پس از پيروزي انقلاب با توجه به اقبال زياد زائرين محترم ، به حرم مطهر حضرت معصومه (ع) و احساس نياز به فضاهاي عبادي ، معنوي بيشتر در جوار بارگاه منور حضرت و عدم امكان بهره برداري شايسته از فضا و امكانات وسيع مسجد اعظم و در نتيجه معطل ماندن آن همه امكانات وسيع كه با هدف اصلي بنيانگذار عظيم الشأن آن موافقت نداشت . سرانجام در دهه آخر ماه مبارك رمضان سال 1371 هـ . ش با رعايت موازين شرعي و قانوني حائل بين مسجد اعظم و مسجد بالاسر برداشته شد و به دنبال آن امور اداري و خدماتي مسجد بر عهده آستانه مقدسه قرار گرفت. و طبق فرمان مقام معظم رهبري به توليت محترم آستانه مقدسه ، مسئولين مربوطه موظف شدند بدون بهره برداري و دخالتي در موقوفات مسجد ، اقدام به نگهداري و حفاظت از مسجد و متعلقات آن و تأمين حقوق كارمندان آن نمايند . و هم اكنون اين مكان مقدس محيط بسيار مناسبي براي تحصيل دانش پژوهان علوم ديني شده ، به گونه اي كه در ايام تحصيلي حوزه اكثر مراجع معظم تقليد در اين مكان مقدس تدريس مي نمايند و تعداد كثيري از طلاب و فضلاي محترم از فيوضات علمي ايشان بهره مند مي شوند . همچنين مراسم مذهبي مختلفي كه از شئونات مسجد است با شكوه خاصي درآن برگزار مي شود.