مورخان براي علي بن جعفر(عليه السلام) سه مقبره در سه شهر ذكر كرده اند: الف : قم در قبرستان «درِ بهشت»، كه اكنون يكي از چهار گلزار شهدا در قم است. بقعه و بارگاه كهني است به نام علي بن جعفر(عليه السلام) كه از دير باز زيارتگاه اهل ولايت بوده است. در زمان ما قبرستان و هم گلزار شهدا را به نام علي بن جعفر(عليه السلام) نامند. برخي چون مجلسيِ اول، همين جا را مقبره علي بن جعفر(عليه السلام) دانسته اند، امّا فرزند او مجلسيِ دوم گويد: اينكه مقبره علي بن جعفر(عليه السلام) در قم باشد، در كتب معتبر نيامده است.30
در دايرة المعارف تشيّع آمده است: احتمال آن است كه بقعه مزبور آرامگاه نواده وي، علي بن حسن بن عيسي علويِ عريضي باشد كه همراه پدر خود از مدينه به قم آمد. محدّث قمّي مي نويسد: احتمال مي رود قبري كه در قم است، از آن همين علي بن جعفر باشد... بنا و بقعه علي بن جعفر (درِ بهشت) متعلّق به نيمه نخستينِ قرن هشتم هجري است. و به دستور عطا ملك ميرمحمّد حسني بنياد نهاده شد و باگچ بري هاي رنگيني آراسته گرديد و كار بنا و تكميل و تزيين آن در سال 740هـ . ق. پايان گرفت. گنبد آن به شكل هرم دوازده ترك است كه بر روي پايه بلند آجري قرار دارد.31
ب : سمنان در بيرون سمنان مقبره اي است به نام علي بن جعفر(عليه السلام) كه داراي قبّه و صحن است.32
ج : عريض در مدينه منوّره علامه سيد محسن امين در اعيان الشيعه مي نويسد: حق اين است كه قبر وي در عريض است; چنانكه نزد مردم مدينه معروف است.33
محدّث نوري گويد: حق آن است كه قبر وي در عريض است آن چنانكه معروف است در ميان مردم مدينه.34
گفتني است، نويسنده اين سطور، در چند سال پيش، عازم سفر حج بودم كه براي خداحافظي به محضر استاد فرزانه، حضرت آيت الله حسن زاده آملي (زاده الله حسنا) رسيدم، ايشان فرمودند: به مدينه منوره كه مشرف مي شويد، به زيارت قبر علي بن جعفر(عليه السلام) در عريض برويد.