مرحله پنجم سير نظريّه ولايت فقيه در مراحل مختلف تاريخى از قرن دهم (همزمان با بهقدرت رسيدن سلسه صفوى در ايران) آغاز و در قرن سيزدهم، بهپايان مىرسد.
شاخصه اين مرحله، رسميّت مذهب تشيّع در ايران و قدرت نسبى فقيهان در عصر صفوى و سپس قاجارى است.
البته، فراوان بودهاند حكومتهايى كه گرايشهاى شيعى حتّى اثناعشرى داشتهاند، امّا در واقع، هيچكدام شايد بهجز سربداران، تا قبل از حكومت صفويه، رسماً حكومتى مبتنى برتشيّع اثناعشرى بهشكل يك نظام تشكيل ندادهاند.(1) تا پيش از عصر صفوى، فقيهان شيعه، تنها، در دو مورد است كه روابطى مثبت با حاكميّت داشتهاند: مورد نخست، برخوردهاى عالمان شيعه با آلبويه در قرن چهارم و پنجم است و مورد دوم، برخورد عالمان شيعه با ايلخانان مغول است. مهمترين اين عالمان، خواجه نصير طوسى، محقّق حلّى، علّامه حلّى و سيدبنطاووس هستند.(2) اين دورهها، اوّلاً، كوتاه بوده و ثانياً، تشيّع بهعنوان يك نظام سياسىِ حاكم، مطرح نبوده است.
با قطع نظر از اين دو مورد، تا پيش از دولت صفوى، موضع فقيهان شيعه در برابردولتها، همواره، موضع منفى و سلبى بود. فقيهان شيعه، با ظرافت تمام، اَبعاد حقوقى يك مبارزه منفى عليه دولتهاى جائر را ترسيم كردهاند. اظهار نظر قاطع فقيهان شيعه در مسايلى از قبيلِ «قبول ولايت سلطان جائر» و «اعانت ظالمان» و «قبول جوايز سلطان» نوعى اتّفاق نظر و همداستانى را ميان فقيهان شيعه پديد آورد.
بهرسميّت نشناختن نظام سياسى حاكم و آن را طاغوت و فاقد مشروعيّت خواندن ودردست نداشتن قدرت متمركز سياسى و پراكندگى شيعيان در جهان اسلام، از يكسوورفتار خشن و فشار حكومتهاى مختلف تا قرن دهم برشيعيان از سوى ديگر، مجموعاً، شرايطى را پديد مىآورد كه امكان تدوين مبانى حاكميّت سياسى عصر غيبت را اجازه نمىداد.
شيعيان - كه بهتحكيم مبانى امامت براساس مذهب اهلبيت(ع) در علم كلام دست زده بودند - شرايط مهمى را براى امامت و رهبرى، مانند عصمت و انتصاب و نصّ مطرح مىكردند كه غالباً مربوط بهامامت معصوم بود.
در عصر غيبت، با توجه بهپنهان بودن امام معصوم(ع) و شرايطى كه برشيعيان حاكم بود، اين مباحث، پيشرفت چشمگيرى نداشت، امّا در فقه، بهدليل ابتلاى مردم و نيازشان بهمسايل مرتبط با نهاد سياسى از يك سو، و نامشروع بودن نظام حاكم از سوى ديگر، بهطور متفرق، فقيهان، بهنياز مردم پاسخ