صـنـدوقـهـاى راءى رفـتـنـد و (آيت اللّ ه سيد على خامنه اى ) را به رياست جمهورى انـتـخـاب كـردنـد.
مهندس (مير حسين موسوى ) از سوى رييس جمهورى به نخست وزيرى انتخاب شـد و كـابـينه جديد از مجلس راءى اعتماد گرفت . در اين دوره ، با حاكميت حزب اللّه در كشور، نـوعـى ثـبـات سـيـاسـى پـديـد آمـد كـه مـسـؤ وليـن نـظـام در سـايـه آن تـوانستند كشور را در طول سالهاى سخت جنگ اداره كنند.(394) در آغـاز ايـن دوره ، گـروهـكـهـا بـويژه منافقين ، همچنان به بمب گذارى و ترور ادامه مى دادند، بـگـونـه اى كه آية اللّه (مطهرى ) آية اللّه (قدوسى )، آية اللّه (قاضى طباطبايى ) آية اللّه (مدنى )، آية اللّه (دستغيب )، آية اللّه (صدوقى ) و آية اللّه (اشرفى اصفهانى ) و شـهـيـد هـاشـمـى نـژاد و ... از روحـانـيـون و ائمـه جـمـعه انقلابى و مورد احترام مردم و عده اى از نيروهاى حزب الّلهى به دست اين گروهك به شهادت رسيده و ترورهاى ناموفقى نسبت به آيت اللّه خامنه اى ، موسوى اردبيلى ، هاشمى رفسنجانى و ... انجام دادند.
بـازگـشـايـى دانـشـگاهها در آذرماه 1362، انتخابات مجلس خبرگان ، كشف توطئه حزب توده ، مـبـارزه گـسـتـرده بـا مـواد مـخـدر، انـتـخـابـات دوره دوم مـجـلس در سـال 63 و انـتـخابات رياست جمهورى در سال 64، ماجراى (مك فارلين )، فاجعه (حج خونين )، تـشـكـيـل مـجـمـع تـشـخـيـص مـصـلحـت نـظـام بـه فـرمـان حـضـرت امـام در زمـسـتـان سـال 66، انـتـخـابـات دوره سـوم مـجـلس شـوراى اسـلامـى در سال 67، نامه تاريخى امام به گورباچف ، پذيرش قطعنامه 598 توسط ايران ، حكم ارتداد سـلمـان رشـدى از سـوى امـام ـ ره ـ و بـازنـگرى قانون اساسى از مهمترين حوادثى است كه تا اوايل سال 67 در اين دوره به وقوع پيوست .(395) امـام خـمينى ـ ره ـ در حالى كه كار شوراى بازنگرى هنوز پايان نيافته بود، در سيزدهم خرداد ماه 68، پس از يك بيمارى كوتاه مدّت ، در سن 87 سالگى دارفانى را وداع گفت و به معبود و مـحبوبى كه سراسر عمر خود را به مجاهدت در راه او و كسب رضاى او طى كرده بود، پيوست . رحـلت حـضرت امام ـ ره ـ همگان را در اندوهى بى پايان فرو برد. حضور درياى موّاج ميليونها نـفـر از مردم در مراسم وداع و تشييع پيكر پاك امام خمينى ـ ره ـ ، به دوستان و دشمنان فهماند كه انقلاب اسلامى بر پايه هاى اعتقادى و اجتماعى محكمى استوار است .(396)
مـجـلس خـبـرگـان رهـبـرى ، بـى درنـگ پـس از ارتـحـال حـضـرت امـام ـ ره ـ تـشـكـيـل شـد و در فـاصـله كـمتر از يك روز، (حضرت آيت الله خامنه اى ) را به رهبرى كشور انـتـخـاب كرد؛ كسى كه به داشتن تقوا، اجتهاد، آگاهى عميق از انديشه ها و سيره امام ، مبارزه در راه انقلاب و تجربه سياسى و اجرايى شهرت داشت .(397) رهبرى جديد انقلاب با بيان اين نكته مهّم كه (راه ما راه امام خمينى است ) به جهانيان اعلام كرد كه جمهورى اسلامى ايران همچنان آرمانهاى رهبر فقيد انقلاب اسلامى را سرمشق و هدف خود قرار خواهد داد.
در فـاصـله كـوتـاهـى پـس از ارتـحـال حـضرت امام ـ ره ـ همه پرسى اصلاح قانون اساسى و انـتـخـابـات رياست جمهورى برگزار شد. حجت الاسلام و المسلمين (اكبر هاشمى رفسنجانى )، يـار ديـريـن امـام و روحانى انقلابى و آگاه به رياست جمهورى كشور انتخاب شد. دولت جديد نـيـز بـا تـدويـن برنامه پنج ساله و تصويب آن در مجلس شوراى اسلامى ، بيشترين فعاليت خود را در راستاى بازسازى و نوسازى اقتصادى كشور متمركز كرد.(398)