نامش ضبط نشده ، و مادرش ليلى دختر مسعود بن خالد بن مالك بن ربعى بن سلم (78) بن جندل بن نهشل بن دارم است . و مادر ليلى ، عميرة ، دختر قيس بن عاصم بن ..، مادر عميرة عناق ، دختر عاصم بن سنان بن ...، مادر عناق ، دختر اعبد بن اسعد بن منقر و مادرش دختر سفيان بن خالد بن ... بوده است .
و در حديثى كه از حضرت باقر عليه السلام روايت كرديم فرموده :
او يعنى ابوبكر ابن على را مردى از قبيله همدان به قتل رسانيد. و مدائنى گويد: او را در گودالى كه به صورت جوى آبى بود، كشته يافتند و قاتلش معلوم نشد. اينها فرزندان على بن ابيطالب عليه السلام بودند كه غير از خود ابا عبدالله الحسين عليه السلام در كربلا كشته شدند.
و محمد بن على بن حمزه گفته است :
فرزند ديگرى نيز از على بن ابيطالب عليه السلام كه مادرش ام ولد بود، به نام ابراهيم در كربلا كشته شد، ولى من اين مطلب را از ديگرى نشنيده ام و در كتب انساب نيز ذكرى از ابراهيم بن على نشده است . و احمد بن سعيد از يحيى بن حسن از عبيدالله طلحى براى من حديث كرد كه عبيدالله بن على نيز در كربلا كشته شد ولى اين سخن درست نيست و عبيدالله در جنگ مدار (79) به دست لشكريان مختار بن ابى عبيده ثقفى كشته شد، و من در مدار قبر او را ديده ام .
مادرش كنيز بوده و نامش معروف نيست .
ابومخنف از سليمان بن ابى راشد نقل كند كه قاتل او عبدالله بن عقبه غنوى بوده . و از حضرت باقر عليه السلام روايت شده است كه عقبه غنوى او را كشت . و مقصود سليمان بن قته شاعر در اين شعر ابوبكر بن حسين است كه گويد:
در طائفه غنى كه عقبه غنوى از آنهاست ، قطره اى از خون ما هست كه بايد تقاص كنيم و همچنين در اسد قطره ديگرى از خون ما هست كه فراموشمان نخواهد شد.