ميان زعامت و مرجعيت فتوا چند تفاوت وجود دارد:
1. زعيم و ولى فقيه گذشته از علم به قوانين الهى و احاطه به سياستهاى دينى، بايد داراى عدالت و شجاعت و مديريت كافى براى رهبرى بوده و به مسائل اجتماعى و سياسى روز، آگاه باشد.
2. وقتى زعيم و ولى فقيه بنا به مصالح مردم حكمى صادر مىكند، برهمه حتى بر كسانى كه از ديگران تقليد مىكنند، آن حكم واجب مىشود، چنان كه وقتى مرحوم ميرزاى شيرازى -رضوان الله تعالى عليه زعيم دينى و سياسى، حكم تحريم تنباكو را صادر فرمود و يا مرحوم ميرزا محمد تقى شيرازى حكم جهاد دادند، چون حكم حكومتى بود، همه حتى علما تبعيت كردند.
3. مقام مرجعيت فتوا مىتواند در يك زمان متعدد باشد و هر كس هرمجتهدى را كه پارسا و داناتر تشخيص دهد، مىتواند از او پيروى نمايد، ولى مقام زعامت و ولايت فقيه نمىتواند متعدد باشد; چه اين مقام بايد در رابطه با ابعاد سياسى، فرهنگى، اقتصادى، اجتماعى و دفاعى كشور، داراى يك قدرت مركزى باشد وگرنه موجب تشتت و چنددستگى امتخواهد گشت و وحدت كلمه از بين خواهد رفت، همانطور كه امام رضا عليه السلام در ضمن حديثى به علل متعدد نبودن امام اشاره فرمودهاند (15).
4. كار مرجعيت فتوا رامىتوان جانشين كار نبوت، يعنى ابلاغ قوانين الهى به مردم، و كار ولايت فقيه را جانشين كار امامت، يعنى مسؤوليت اجرا و پياده كردن قوانين دانست.
5 از شرايط مرجعيت فتوا اعلميت است; ولى در زعامت و ولايت فقيه اعلميتشرط نيست.