ممكن است گفته شود سيره پيامبر (ص) درباره منافقان اين بوده كه هيچگاه دستور قتل آنها را صادر نمىكرد مبادا دشمنان او را متهم به كشتن يارانش كنند و يا بعضى از اين مسئله سوء استفاده كرده، با افرادى كه خرده حساب داشتند به عنوان منافق بودن درآويزند و آنها را به قتل برسانند.
بايد توجه داشت كه سيره پيامبر (ص) تنها در مورد منافقان مدينه و مانند آنها بوده است كه به ظواهر اسلام عمل مىكردند و مبارزه صريحى با اسلام و مسلمين نداشتند اما كسانى كه مانند منافقان مكه همكارى روشنى با دشمنان اسلام داشتند مشمول اين حكم نبودند.
إِلاَّ الَّذِينَ يَصِلُونَ إِلى قَوْمٍ بَيْنَكُمْ وَ بَيْنَهُمْ مِيثاقٌ أَوْ جاؤُكُمْ حَصِرَتْ صُدُورُهُمْ أَنْ يُقاتِلُوكُمْ أَوْ يُقاتِلُوا قَوْمَهُمْ وَ لَوْ شاءَ اللَّهُ لَسَلَّطَهُمْ عَلَيْكُمْ فَلَقاتَلُوكُمْ فَإِنِ اعْتَزَلُوكُمْ فَلَمْ يُقاتِلُوكُمْ وَ أَلْقَوْا إِلَيْكُمُ السَّلَمَ فَما جَعَلَ اللَّهُ لَكُمْ عَلَيْهِمْ سَبِيلاً (90)
90- مگر آنها كه با كسانى كه با شما هم پيمانند، پيمان بسته، يا آنها كه به سوى شما مىآيند و از پيكار با شما يا پيكار با قوم خود ناتوان شدهاند (نه سر جنگ با شما دارند و نه توانايى مبارزه با قوم خود) و اگر خداوند بخواهد آنها را بر شما مسلط مىكند تا با شما پيكار كنند، بنا بر اين اگر از شما كنارهگيرى كردند و با شما پيكار ننمودند (بلكه) پيشنهاد صلح كردند خداوند به شما اجازه نمىدهد كه متعرض آنان شويد.