در 23 ربيع الثانى 1245 حاج ملا مهدى نراقى در نراق از دنيا رفت و حمل بر نجف اشرف شد و در صحن مطهر دفن شد.
در روضات از يكى از شاگردان نراقى نقل كرده كه در موقع نقل جنازه به نجف در يكى از منازل به جهت كثرت حرارت هوا از تعفن جسد شريف بيمناك بوديم تا اينكه براى استعلام حقيقت حال به نزديك جنازه رفتم بجز رائحه طيبه و بوى خوش كه گويا مشك ناب بوده چيزى احساس نكرديم بلكه تا دم قبر اصلا تغييرى در بدن شريفش نبود.
در ريحانة الادب ذيل عنوان نراقى گويد: كه در اوائل قرن چهاردهم هجرى براى دفن ميتى جنازه حاج ملا احمد و پدرش حاج ملا مهدى نمودار شد صحيحا و سالما بطورى كه اصلا آسيبى نرسيده بود ديدند و اين امرى عجيب و خارق العاده بوده و تنها در اثر خدمات دينيه خالصانه آنهاست .(264)