سيد محمد خلخالى نام پدرش سيد غفار و نام جدش سيد عبدالله بود وى پس از پايان تحصيل و تكميل معلومات براى ديدن پدر به خلخال بازگشت در حدود سال 1305 عمويش دانشمند عاليقدر سيد امير جعفر از للّه للّه اروميه نامه اى به او نوشت و خواست به آنجا برود او پس از كسب اجازه از پدرش به اروميه رفت و در آنجا مورد تمجيد و پذيرائى و احترام مردم قرار گرفت چندى بعد در محله هزاران اقامت گزيد و به رهبرى و ارشاد اهالى پرداخت در سال 1336 ه ارمنيهاى آشورهاى به اين شهر دست اندازى كردند و آن سامان را به باد تباهى گرفتند و مردم را كشته و مزارع را ويران ساختند يكى از قربانيان حمله تبهكارانه آنها همين سيد بزرگوار بود كه روز نوزدهم ماه رمضان از ديوار خانه اش بالا رفتند واو را كه مشغول تعقيبات نماز ظهر بود با چوبدستى به شدت زدند چون فهميد كه قصد كشتنش را دارند از آنها مهلت خواست تا نماز عصرش را بخواند و شروع به نماز عصر كرد در حال سجود او را سر بريرند در نزديكترين حالات در حال سجده به ديدار رحمت پروردگارش رفت . بدنش را قطعه قطعه كردند و خانه اش را غارت نمودند و خانواده اش آواره گشتند.
روز بيستم رمضان تنى چند از همسايگان همراه خانواده اش آمده تكه هاى بدنش را جمع كردند و چون از ترس ارمنى ها نمى توانستند به گورستان شهر ببرند همانجا در به خاك سپردند. چند سال بعد فرزند محترمش حاج سيد عبدالله آن را به قم برده در قبرستان شيخان به خاك سپرد خدا او را بيامرزد واز طرف اسلام و مسلمين پاداش خير دهد.
چيزى نگذشت كه تسلط ارمنى ها بر آن ديار سر آمد و مغلوب و گرفتار شده باشديدترين وجهى كيفر ديده و كشته شدند تا كيفر آخرت را نيز ببينند. (296)