مي‌خواست پسرش محمود را به ولايت عهدي بگمارد،وخواجه با آن موافق نبود، سخت نزد سلطان از او بدگويي مي‌كرد. در واقع، دربارملكشاه، ميانه‌اي با وزير نداشت واين تنها قدرت ودرايت خواجه بود كه با وجوددشمنان‌ِ فراوان، توانست بيست سال بر مسند وزارت تكيه بزند وحمايت سلطان رابه همراه داشته باشد.
عاقبت اين بدگويي‌ها در سلطان اثر كرد تا آن كه «به نظام‌الملك پيغام داد كه تو بامن در مُلْك شريكي وبي‌مشورت من هر تصرّف كه مي‌خواهي مي‌كني وولايت‌واِقطاع به فرزندان خود مي‌دهي. ببيني كه بفرمايم دستار از سرت بردارند. او جواب‌داد كه، آنك‌ِ ترا تاج داد، دستار بر سر من نهاد. هر دو در هَم‌ْ بسته‌اند وبا هم پيوسته.» اين حكايت را به عبارتي ديگر هم نقل كرده‌اند: سلطان گفت: اگر مي‌خواهي،بفرمايم كه دوات از پيش تو برگيرند. وزير پيغام داد: «دولت آن، به اين دوات بسته‌است؛ هر گاه اين دوات برداري، آن تاج بردارند.» شگفت آن كه، ميان قتل نظام‌الملك ومرگ ملكشاه تنها سي وسه روز فاصله بود.