ديگر آورده شده بود به مراكز اصلى خود بازگشت و فقط كتابخانه مدرسه فاضلخان جزء كتب اين كتابخانه باقى ماند . در دوران فترت حوزه علميه مشهد ( ميانه سالهاى 1314 و 1320 ه . ش ) اين كتابخانه متروك شد و اى بسا تعدادى از كتب آن به يغماى افراد و مؤسسات مختلف رفت . ولى پس از سامان مجدد حوزه با پيگيرى و كوشش مسؤولين دوباره رونق يافت كتابهاى قديمى و فرسوده آن تعمير شد دو جلد فهرست براى كتابها تهيه گرديد و روز بروز بر حجم آن افزوده گشت . اين كتابخانه در حال حاضر مهمترين كتابخانه مدارس علميه مشهد است . زيرا علاوه بر زيادى تعداد كتب آن نسبت به كتابخانه هاى مدارس ديگر تعدادى كتاب خطى نفيس در اين كتابخانه موجود است كه برخى از آنها تاكنون به طبع نرسيده و در بعضى از آنها خط علماى بزرگ شيعه وجود دارد . امتياز ديگر اين كتابخانه به تنوع كتابهاى آن است . از بيشتر موضوعات و علوم مانند فلسفه طب ادبيات فقه و حديث نوشته شده است . كتب اين كتابخانه مجموعا 3626 جلد است كه 813 جلد آن كتب خطى و 1992 جلد آن چاپى است و بقيه مجلات و سالنامه هاى گوناگون را تشكيل مى دهد . استفاده از اين كتابخانه براى عموم آزاد است و به محصلين مدرسه نواب كتاب به امانت نيز داده مى شود .
اين مدرسه در گذشته كتابخانه خوبى داشته و كتابخانه مدرسه