إلى بغداد سنة 652 هـ، وبقي فيها إلى حيناحتلال المغول بغداد، فشارك في أهوالها،وشملته آلامها، وفي ذلك يقول: «تم احتلالبغداد من قبل التتر في يوم الإثنين 18 محرمسنة 656 هـ، وبتنا ليلة هائلة من المخاوفالدنيوية، فسلمنا الله جل جلاله من تلكالأهوال» (1) .
وفي سنة 661 هـ ولي السيد ابن طاووس نقابةالطالبيين، وجلس على مرتبة خضراء، وفي ذلكيقول الشاعرعلي بن حمزة مهنّئاً:
فهذا عليّ نجل موسى بن جعفر
فذاك بِدَسْتٍ للإمامةِ أخضر
وهذابدَست للنقابةِ أخضر
شبيه عليّنجل موسى بن جعفر
وهذابدَست للنقابةِ أخضر
وهذابدَست للنقابةِ أخضر
واستمرت ولاية النقابة إلى حين وفاته،وكانت مدّتها ثلاث سنين وأحد عشر شهراً(3) .
(1) كشف المحجة: 115، 118، فرج المهموم: 147،الاقبال: 586،، السيد علي آل طاووس: 10.
(2) الكنى والألقاب 1: 328.
(3) بحار الأنوار 107: 45.