روايت شده كه آنحضرت هشتصد درهم براى تغزيه و ماتم خود و وصت فرمود و از حضرت صادق (ع ) مرويستكه پدرم گفت : اى جعفر! از مال من وقفى بكن براى ندبه كنندگان كه دهسال درمنى در موسم حج بر من گريه كنند و رسم ماتم را تجديد نمايند.بالجمله ، آنحضرت را بزهر شهيد كردند و آيا قاتل آنحضرت ، ((هشام بن عبدالملك )) است يا ((ابراهيم بن الوليد)) اختلاف است و در بعضى روايات است كه ((عبدالملك مروان ))، زينى فرستاد در مدينه و بر اسب زدند و حضرت باقر عليه السلام سوار شد و در آن زهرى تعبيه كرده بودند. پس بدن مكرمش ورم كرد و آثار موت در خود مشاهده نمود. سپس وصيت خود را فرمود و به روز در درد و الم بود و در روز سوم از اثر زهر شهيد شد.اين روايت مخالف اقوام مشهوره و تواريخ مضبوطه است چه آنكه ((عبدالملك )) در سنه 86 وفات كرد و وفات حضرت باقر عليه السلام را از سال صدوچهارده تا صدوهفده ذكر كرده اند و آن در ايام خلافت ((هشام بن عبدالملك )) بوده و شايد از روايت لفظ ((هشام )) سقط شده باشد و آن زين زهر آلود را ((هشام بن عبدالملك )) فرستاده باشد. والله العالم .در اين روز، سنه 179، حضرت امام موسى عليه السلام را وارد ((بصره )) كردند و بعيسى بن جعفر ابن ابيجعفر منصور، تسليم كردند. عيسى آنحضرت را در يكى از حجرات خانه خود كه نزديك بديوانخانه بوده محبوس كرد و مشغول فرح و سرور عيد گرديد. از يكى از كاتبان او كه نصرانى بوده نقلشده كه ميگفت اين عبد صالح و بنده شايسته خدا يعنى موسى بن جعفر عليه السلام در اين ايام كه در اين خانه ، محبوس بود چيزى چند شنيد از لهو و لعب و ساز و خوانندگى و انواع فواحش و منكرات كه گمان ندارم هرگز بخاطر شريفش آنها خطور كرده باشد. مدت يكسال در بصره محبوس بود. پس آنجنابرا ببغداد بردند و در نزد ((فضل بن ربيع )) حبس كردند.در اين روز، سنه 106، ((طاوس يمانى )) بمكه وفات كرد و او يكى از فقهاء عصر خود بوده و روايت او مناجات حضرت سجاد را در حجر و گفتگوى او با آنجناب معروف است و او از علماء عامه بشمار رفته ، اگر چه صاحب روضات او را از علماء خاصه شمرده .در اين روز، سنه 463، ((احمد بن على )) معروف به ((خطيب بغداد)) صاحب تاريخ بغداد وفات كرد و او را حافظ مشرق مى گفتند چنانچه ((ابن عبدالبر)) صاحب استيعاب را حافظ مغرب ، و اتفاقا هر دو در يكسال بمردند.