علم اصول پختگى و روشمندى خود را تا حد زيادى درزمان شيخ حسن فرزند شهيد ثانى، صاحب معالم (م:1011ه ق.) و در كتاب معالم الاصولِ همين فقيه بزرگوار به دست آورد.اين كتاب، تا امروز همچنان هم به عنوان محورى براىآموزش مراحل ابتدايى اين علم و هم به عنوان محورى براى پژوهش، مطرح بوده است. از مهمترين تحقيقاتى كه درباره اين كتاب انجام گرفته، حاشيه شيخ محمدتقى است كه خود يكى از بهترين كتابهايى است كه در اين علم نوشته شده است. پس از انتشار كتاب فرايد الاصول، از شيخ مرتضى انصارى پرسيده شد كه چرا ايشان كتاب ديگرى در مباحث الفاظ نمىنويسد، تا در كنار مباحث عقلى كتاب فرايد الاصول، تاليف يك دوره كامل علم اصول را تكميل كرده باشد؟وى در پاسخ گفت: شيخ محمدتقى اصفهانى با تعليقه خودبر معالم،ما را از اين كار بىنياز كرده است. گرايش اخبارىگرى و امين استرآبادىدر همين زمان رويداد تازهاى دامنگير اين علم شد و بهوسيله شيخ محمد امين استرآبادى(م:1036ه.ق.) مؤلف كتاب الفوايد المدنيه، گرايش جديدى به سمت بىنيازى از قواعد عقلى، در اجتهاد شيعه به وجود آمد. اين گرايش تازه در برابر مكتب اصولى حاكم بر مراكز فقهى شيعه، به اخبارىگرى معروف شد. به خلاف آن كه امين استرآبادى مىخواست ريشه و عمق تاريخى اين گرايش را به زمان صدوقها(پدر و پسر) و فقهاى نخستين برساند، ولى روشن است كه اين گرايش با ابعاد و ويژگيها و قواعدى كه استرآبادى در كتاب الفوائد المدنيه، براى آن بيان مىكند، گرايش جديد و بىسابقهاى در اجتهاد شيعه است. كم مانده بود كه گرايش اخبارىگرى شكاف عميقى دراجتهاد شيعه ايجاد كند، اما ايستادگى فقها و علماى اصولى در برابر اين گرايش و دفاع آنان از سرشت عقلانى علم اصول، به ركود و عقب نشينى تدريجى اخبارىگرى انجاميد و اين گرايش، رفته رفته قدرت تحرّك و تاثيرگذارى خود را بر محيط فقهى حوزههاى شيعه از دست داد. آنچه كه زمينه ظهور اين مكتب فقهى را فراهم ساخت،نگرانى از اين نكته بود كه در امر اجتهاد، به عنصر عقل بيش از حد تكيه شود و نص شرعى مورد بىمهرى قرار گيرد، آن گونه كه براى مكتب راى و قياس اهل سنت چنين اتفاقى رخ داد و تكيه بر عقل در استنباط احكام شريعت، رفته رفته آنان را به سمت قياس و استحسان كشانيد و بر آن شدند كه احكام خداى تعالى را به كمك اين گونه منابع ظنّى، كه به هيچ روى نمىتوانند كاشف از حقيقت باشند، استنباط كنند. امّا امين استرآبادى و ديگر سران اخبارىگرى كه پس از او آمدند، براى حفظ اجتهاد از دخالتهاى بىمورد عقل، راه افراط را پيمودند تا بدان جا كه نسبت به عقل و ملازمات عقلى، ديدگاهى منفى پيدا كردند و در حجت بودن تمام احكام عقلى، مگر آنها كه مبدا حسى يا نزديك به حس داشته باشند، مثل رياضيات، ترديد كردند. دليل عقلى از نظر اصوليان و اخباريانپارهاى از سخنان اخباريان در مورد تكيه بر عنصر عقل دراجتهاد، آشفته و ناهمگون است [ و موجب برداشتهاى متفاوتى شده است ] حتى محقق خراسانى، در كفاية الاصول، در توضيح نظر اخباريان مىنويسد: «مراد اخباريان يكى از اين دو امر كبروى يا صغروى است: يااين است كه آنان ملازمه بين حكم عقلى و حكم شرعى را قبول ندارند(كبروى) و يا اين است كه امكان دستيابى به نتايج قطعى از راه مقدمات عقلى را مورد ترديد قرار مىدهند و مىگويند كه نتايج مقدمات عقلى چيزى بيش از احكام ظنى نيستند...(صغروى)» محقق خراسانى معتقد است كه در كلمات اخباريان، بويژهدر كتاب الفوايد المدنيه، دليلى كه حكايت كننده از گرايش ضد عقلى آنان به طور كلّى باشد، به چشم نمىخورد. اگر علماى اخبارى از اين ديدگاه رايج مكتب اصولى، بهخوبى آگاه مىبودند كه فرق است بين آن راى و گمانى كه كاشف از حقيقت نيست و بين حكم قطعى عقل، چنين راه دشوارى را در برابر تفكر اصولى نمىپيمودند. نزد اصوليان آن دليلى حجت است كه متعلق خود را به طورقطعى اثبات كند و فرقى نمىكند كه حجت بودن اين دليل ذاتى باشد كه در اين صورت، همان علم و قطع است و يا حجت بودن آن عرضى باشد كه همان طرق و امارات شرعى است. حجت بودن طرق و امارات شرعى، با دليل قطعى شرعى ثابتشده است; اما حجت بودن «قطع» ذاتى است و دست تشريع از نفى و اثبات آن كوتاه. قطع به دست آوردن يعنى روشن شدن معلوم براى عالم به گونه قطعى، هر چه كه اين چنين باشد، حجت بودن براى ذات آن حاصل است و آنچه كه به طور ذاتى، به دست آمده است، بىمعناست، همان گونه كه سلب حاصل ذاتى هم بىمعناستحجت بودن امارات و طرق ظنّى هم، بر اساس قاعده معروف «ان كلّ ما بالعرض لابد ان ينتهى الى ما بالذات»، دست آخر به يك حجّت ذاتى بر مىگردد. يكى از لوازم حجت بودن عقل، منجزيّت و معذريّت آن است;يعنى اگر مكلّف مخالف با حجت رفتار كرد، در صورتى كه حجت با حكم واقعى برابرى داشته باشد، عقل حكم مىكند به حسن عقاب براى آن مكلف(منجزيت). ولى اگر مكلف برابر حجت رفتار كرد، چه اين كه آن حجت با حكم واقعى برابرى داشته باشد و چه نداشته باشد، عقل حكم مىكند به قبح عقاب چنين مكلفى(معذريت). اين از آشكارها و پذيرفتههاى علم اصول است و از آن جا كه دليل عقلى پشتوانه اين امر روشن است، هيچ چون و چرائى به آن راه ندارد. امّا رايى كه فقط مستند به ظن باشد و به هيچ حجت ذاتى يا حجت قرارداده شده شرعى مستند نباشد، جايگاهى در مقام استنباط احكام شرعى ندارد. اگر اخباريان اين نكته روشن را در مورد حجت بودن، به خوبى درك مىكردند، شكافى در اجتهاد پديد نمىآمد و اختلاف آنان با اصوليان در حدّ همان اختلاف صغروى، يعنى اختلاف بر سر اين كه چه چيزى حجت است و چه چيزى حجت نيست، باقى مىماند، و در اصلِ حجت بودن احكام عقلى و ملازمه آن با حكم شرع، ترديد روا نمىداشتند. اختلاف جوهرى بين اخباريان و اصوليان، از همين نقطه آغاز شده است. ديگر مسائل اختلافى بين دومكتب اصولى و اخبارى پس از مساله حجت بودن عقل و ملازمه حكم عقل با حكمشرع، مهمترين مسائل مورد اختلاف دو مكتب عبارتند از: 1. مكتب اخبارىگرى بر اين نظر است كه تمام رواياتى كهدر كتابهاى چهارگانه [ كافى، من لايحضر، تهذيب و استبصار] آمده است قطعى الصدور هستند، زيرا هدف نويسندگان كتابهاى چهارگانه از اين كتابها، گردآورى و تدوين رواياتى بوده است كه بتوان به آنها عمل كرد و به وسيله آنها به استدلال و احتجاج پرداخت، از اين روى، فقيه نيازى ندارد كه به بحث از اسناد روايات كتابهاى چهارگانه بپردازد.