التحق الأخ محمد علي سنه 1983م بكلية الحقوق في فرع جامعة القاهرة في الخرطوم، وواجه فيها تيارات فكرية وسياسية متعددة، لكنه توخى الحذر في التعامل معها جميعاً.
فكان يتردد على أركان النقاش ويتجول بين الصحف ويسمع ويقرا للجميع، فلما احاط علماً بتيارات الساحة قرّر أن يلتحق بالحركة الإسلامية السودانية.
ومع انتصار الثورة الإسلامية في إيران لفت هذا الحدث انظار الحركيين في العالم السني إلى التشيع كمنهاج ديني ثوري قادر على قلب موازين الصراع الحضاري على مستوى العالم، فنشأ بين الطلبة نوع تعاطف مع هذه الثورة وقد اسهمت حالة التسامح الفكري داخل الاتجاه الاسلامي فى تعزيز هذه الاتجاهات والميول.
يقول الأخ محمد علي: "في فبراير من عام 1986م، بينما كنا في "الجبهة الاسلامية" نعد العدّة للانتخابات التشريعية، وقعت أحداث دامية بالجامعة أثر مشكلة افتعلها اليساريون، فتعرضت لإصابة كادت أن تؤدي بحياتي، فلهذا تقرر أن انتقل من الخرطوم إلى موطني في الشمالية وهناك شاركنا في قيادة الحملة الانتخابية للجبهة".
يقول الأخ محمد علي: "كان معي في تلك الفترة أحد أقدم أصدقائي وكان على اتصال بمجموعة الثقافة الشيعية بالجامعة، فتعرف منهم على بعض ملاحظات الشيعة على التاريخ الإسلامي، ولهذا تشكلت لديه بعض القناعات التاريخية