قدم الشافعى الى مصر عام 198 هج و نزل بالفسطاط ضيفاً كريماً على بن محمد بن عبداللَّه بن عبدالحكم ما كرم مثواه و آزره و كانت لمحمد هذا مكانة بمصر و رياسة علمية و زعامة و كان أهل مص با يعدلون به أحد، وتاكدت بينه بين الشافعى مودّة و اخاء و قام فى معاونة الشافعى و مؤازرة و نشر علمه و كان قدوم الشافعى الى مصر فى صحبة الوالى العباسى منم قبل المأمون و هو عبداللَّه بن العباس بن موسى العباسى، فلقى هناك اقبالاً من المالكية لأنه من اشهر تلامذته و كان يقول: هذا سقول استاذنا (يعنى مالكاً).
و لمّا استقل بآرائه و وضع الكتب فى الرّد على مالك تنكر له المالكية و عارضوه و ارادوا اخراجه من مصر و اتهموه بالتشيع مرة اخرى و بمقاومة السلطان، حتى قتلوه فمامت بسبب ضربة على رأسه هام 204 هج.
و الذى يظهران الشافعى عاد الى مكة و بقىّ فيها مدّة ثم رجع سنة 200 هج، و فيها سطح نجمه و كثر اتباعه رغم تعصب الحنابلة عليه و ايذائه.