تمام ادعاهایی که کتاب نقد قرآن درباره «وجود تناقض» در «قرآن»، کرده است به تفسیرهایی برمی‌گردد که او نسبت به بعضی از آیات، قطع نظر از آیات دیگر قرآن، نموده است و یا تفسیرهای عامیانه عامه مسلمین غیر «پیروان عترت از ائمه معصومین» که عمدة دربار بعضی از مسائل عقیدتی است مثل مسئله جبر و تفویض و مسئله‌ای که با توجه به تفسیر ائمه عترت که تفسیرشان از یک آیه با توجه به «سایر آیات قرآن و مجموعه قرآن» است هیچ تناقضی در قرآن، وجود ندارد و نیست.
آری اشکالات آقای دکتر سها برمی‌گردد به عقائد «عامه مسلمین» غیر پیروان عترت، که در موارد زیادی، عقائد «عامه مسلمین»، مخالف قرآن و سنت متواتره است مثل عقیده‌شان درباره «امامت» که «هر سلطان‌ای را گرچه فاسق و جاهل باشد»، امام واجب الاتباع می‌دانند و یا درباره جبر و تفویض و مسئله عدالت خدا، که نویسنده در فصل‌های ششم، هشتم، دهم و شانزدهم و غیره به آنها پرداخته است که طبق تفسیر «ائمه عترت»، هیچ تناقض در قرآن نیست.
زیرا طبق گفته «ائمه عترت» (از اوصیاء رسول خدا ص) هم عقیده به جبر مطلق، غلط است و هم عقیده به تفویض مطلق، غلط است یعنی اینکه بگوئیم همه چیز و همه کارها حتی رفتار انسانها به اراده