پس از آن مردم براي بيعت ميآمدند حضرت به گونهاي دست خود را براي بيعت گرفته بود كه پشت دست مقابل صورت و كف دست به سمت مردم بود و آنها ميآمدند دست خود را به كف دست حضرت ميزدند. مأمون اعتراض كرد كه چرا دست خود را اين چنين گرفتهاي. حضرت فرمود اين سنت رسول خدا(ص) است.
حضرت از هر فرصتي كه پيش ميآمد سعي خود را در روشن كردن ذهن مردم مبذول ميداشت تا اينكه مسأله نماز عيد فطر پيش آمد كه به اصرار خليفه قرار شد حضرت نماز عيد را بخواند. هنگامي كه همه سپاهيان و اميران مقابل در منزل حضرت صف كشيده بودند، ملاحظه كردند كه حضرت با پاي برهنه از منزل خارج شد و شروع به گفتن تهليل كرد. مردم نيز با شور و هيجان خاصي چنان فضاي معنوي و پر خروشي ايجاد كردند كه مأمون مجبور شد حضرت را از وسط راه بازگرداند. وقتي از حضرت سؤال شد كه چرا ولايتعهدي را پذيرفتند، حضرت فرمودند به همان دليلي كه حضرت علي(ع) شركت در شوراي پيشنهادي عمر را پذيرفت؛ يعني اينكه اولاً اين اقدام در سيره حضرت علي(ع) نيز سابقه داشته است و ثانيا مصالح اسلام و مسلمين چنين اقتضايي داشت.
اين حوادث، عامل تمرد عباسيان در بغداد شد و در نتيجه آنها ابراهيم بن مهدي را به خلافت برداشتند. حضرت بر خلاف ميل فضل بن سهل تصميم گرفت به سوي بغداد حركت كند. مأمون در سرخس طي نامهاي جعلي از جانب حسن بن سهل به فضل بن سهل يادآور شده بود كه امروز نحوست دارد و براي دفع بلا فضل و امام بايد به حمام بروند و رگ بزنند. حضرت از رفتن به حمام امتناع فرمود و فضل در حمام به قتل رسيد. پس از محاكمه مجرمان آنها اقرار كردند كه اين كار به دستور شخص مأمون صورت گرفت و بلافاصله گردن آنها زده شد. پس از آن در توس به گفته صفدي: خليفه براي مداراي با بني عباس حضرت را به وسيله زهر شهيد كرد.30 سيوطي در تاريخ خلفا چنين مينويسد: «پس مأمون به مردم بغداد نوشت شما نميخواستيد از من انتقام بگيريد مگر به خاطر بيعت با علي(ع) پس به تحقيق كه او وفات يافت».31
جرجي زيدان مينويسد:
«[مأمون] پس از قتل فضل به فكر علي بن موسي افتاد. چون بيم داشت كه مبادا اگر او را معزول سازد خراسانيان بر وي شورش كنند. از آنرو به سياست ديرين عباسي رجوع كرد و در صدد مسموم ساختن وي بر آمد و با انگور زهر آلود، علي بن موسي را به قتل رسانيد.»32
چون در كيفيت شهادت حضرت اقوال مختلف آمده است در اين متن به سه قول از گفتههاي مورخان اهل سنت و عرب اسناد داده شد. حضرت اگر چه تحت اضطرار و عدم اختيار، ولايتعهدي را قبول فرمود، اما به گونهاي عمل كرد كه مردم بيش از هر برههاي از تاريخ امامت با سيره سياسي ائمه اطهار(ع) و فكر امامت آشنا شدند و سر انجام نيز خداي متعال در پاداش اين عملكرد ارزشمند، فوز عظيم شهادت را نصيب آن حضرت فرمود.
اگر چه مأمون در اصرار بر قبولاندن ولايتعهدي به امام رضا(ع) حل مشكلات سياسي و تثبيت قدرت تازه به دست آورده خود را دنبال ميكرد، موضعگيري مناسب و سخنان بموقع و دقيق حضرت و تلاشهاي فكري و فرهنگي كه در مدت كوتاه ولايتعهدي خويش انجام داد، اولاً ضمن روشن كردن ماهيت اقدامات مأمون، نظر اهل بيت را نسبت به خلافت عباسيان براي مسلمانان تبيين ساخت. ثانيا براي مردم ثابت شد كه خلافت و زعامت مسلمين، حق طبيعي ائمه معصومين(ع) است و آنها هستند كه توانايي و صلاحيت اداره و هدايت جامعه اسلامي را دارا هستند. ثالثا با فراهم شدن زمينههاي مناسب پرسش و پاسخ و بحث و مناظره در مركز خلافت، امام توانستند به بسياري از شبهههايي كه از سوي دانشمندان غير مسلمان نسبت به اعتقادات اسلامي ايجاد ميشد، پاسخ بسياري از انحرافات و نارساييهايي كه در برداشتِ دانشمندان اسلامي از قرآن و معارف اسلامي ايجاد شده بود، اصلاح فرمايند. پس از آن حضرت با استفاده درست از موقعيت ايجاد شده نه تنها توطئههاي مأمون را نقش بر آب ساخت، بلكه منشأ خدمات ارزشمندي به اسلام و مسلمين شدند.