متفكر بزرگ اسلامي در كتاب تفسير خود مي‌نويسد(16): وجوهي كه مرحوم طبرسي نقل كرده‌هيچكدام قانع كننده نيست. و در رد اظهارات وي دلايلي را طرح مي‌كند.
در مورد نقل اول مي‌گويد: محكم و متشابه بودن از صفات آياتي‌است كه الفاظش بر معنايش دلالت دارد،و زمانيكه معاني الفاظ با عقايد مسلمه‌سازش ندارد، مي‌گوييم اين آيه متشابه است. و تاويل از قبيل معنا كردن لفظ‌نيست بلكه تاويل‌ها عبارتند از، حقايق واقعي كه مضامين بيانات قراني از آن‌حقايق سرچشمه گرفته، چه محكماتش و چه متشابهاتش و بنابراين نه حروف مقطعه‌قرآن از متشابهات ميباشد، و نه معاني آن از باب تاويل.
و اما ده قول ديگركه اصلا نمي‌توان تفسيرش ناميد، بلكه تصويرهايي است كه ازحد احتمال تجاوزننموده و هيچ دليلي كه بر يكي از آنها دلالت كند در دست نيست. وي در ادامه‌ازقول ابن عباس مي‌گويد:
درتفسير (الف- لا- ميم) گفته شده كه الف اشاره به الله و لام به جبرئيل و ميم به محمد(ص) است. ونيز از بعضي ديگر نقل شده كه گفته‌اند:
حروف مقطعه درقرآن داراي منظوري است، مانند حرف نون در سوره ن اشاره به اينكه در اين سوره بيشتر راجع به نصرت موعود بررسول خدا صحبت شده و حرف قاف‌در سوره ق اشاره است به اينكه در اين سوره بيشتر درباره‌قرآن، و ياقهر الهي سخن رفته و برخي نيز گفته‌اند براي هشدار دادن است.
اما خود در اين زمينه مي‌گويد:
نكته‌اي كه در اينجا نبايد از آن غافل بود، اين است كه، اين‌حروف در چند سوره افتتاح شده، يعني در بيست و نه سوره، حروف مقطعه آمده‌كه بعضي با يك حرف افتتاح شده‌است. و اين حروف هم با يكديگر تفاوتي‌دارند،و آن اين است كه بعضي از آنها تنها در يك جا آمده‌مانند ن وبعضي ديگردر آغاز چند سوره آمده مانند الم و المر و طس ، با در نظر گرفتن اين دو نكته اگر كمي دراين سوره‌هايي‌كه سرآغازش يكي است، مانند سوره‌هاي (الف، لام ،ميم)، وسوره‌هاي طه دقت كني، خواهي ديد، كه سورهائي‌كه حروف مقطعه اول آن يكي‌است، از نظر مضمون نيز بهم شباهت دارند،و سياقشان يك سياق است. بطوريكه‌شباهت بين آن‌هادر ساير سوره‌ها ديده نمي‌شود.
موكد اين معنا شباهتي است كه در آيات اول بيشتر اين سوره‌هامشاهده ميشود، مثلا در سوره‌هاي (حا- ميم)، آيه اول آن عبارت است از( تلك‌آيات الكتاب)است. يا عبارتي كه‌اين معنا را مي‌رساند. با در نظر گرفتن اين شباهت‌ها ممكن است آدمي حدس‌بزند كه بين اين حروف و مضامين سوره‌هايي كه با اين حروف آغاز شده‌ارتباط خاصي باشد، مويد اين حدس آن است كه مي‌بينيم سوره اعراف كه با(الف- لا- ميم -صاد) آغاز شده، مطالبي را كه در سوره‌هاي (الف- لا- ميم)وسورهِ(ص) هست، در خود جمع كرده، و نيز مي‌بينيم سوره رعد كه با حروف(الف،لام، ميم،راء) افتتاح شده، مطالب هر دو قسم سوره‌هاي (الف لام ميم) و (الف‌لام ميم راء) را دارد.
از اينجا استفاده ميشود كه، اين حروف رموزي هستند بين خداي‌تعالي و پيامبرش صلوات الله عليه.
و اي بسا اگر اهل تحقيق در مشتركات اين حروف دقت كنند، ومضامين سوره‌هائي كه بعضي از اين حروف در ابتدايش آمده با يكديگر مقايسه‌كنند، رموز بيشتري برايشان كشف شود.
وهمچنين معناي آن روايتي هم كه اهل سنت از علي (ع)نقل كرده‌اند،همين‌باشد،و آن روايت بطوريكه در مجمع البيان آمده اين است كه آن جناب‌فرمود:براي هركتابي نقاط برجسته و چكيده‌اي است، و چكيده قرآن حروف الفباءاست.