هنگامى كه حضرت امير عليه السلام خواست به جنگ صفين رود، اين دعا را كه مشتمل بر چگونگى آفرينش آسمان و زمين و حكمت قرار دادن كوههاست انشاء فرمود: اللهم رب السقف المرفوع، والجو المكفوف، الذى جعلته مغيضا لليل والنهار....
بار خدايا! اى پروردگار آسمان بلند! و جو محفوظ از انتشار، كه قرار داده اى آن "جو" را محل فرو رفتن شب و روز... [ نهج البلاغه، خطبه 166. ] شهرستانى در كتاب الهيئه والاسلام [ الهيئه والاسلام، ص 51. ] آورده: منظور از جو مكفوف اين است كه جو با آن كه به خودى خود اقتضاى پراكندگى و انتشار دارد از آثار قدرت خداى تواناست كه آن را در جاى معينى نگهدارى نموده است.
و نيز در شرح الذى جعلته مغيضا لليل و النهار مى گويد: كلمه مغيض به معناى جائى است كه آب را مى مكد و آن را به خود جذب مى نمايد، و گويا آن حضرت "بطور استعاره" شب و روز را به معناى نور و تاريكى قرار داده و چنين فرموده: خدايا تو نور و ظلمت را در جو فرو برده اى و در اثر فرو رفتن نور در جو، شب به وجود آمده، و در اثر فرو رفتن تاريكى در جو روز پديد آمده است كه آن حضرت چنين فرض نموده كه هوا نور و ظلمت را مكيده و بلع مى نمايد و هم اكنون پس از گذشتن قرنهاى زيادى دانشمندان علم هيئت به وسيله آلات مجهز طيف نما و يا اسپكترسكوپ ديده اند كه جو بر اثر اقتضاء و احتياجش مقدارى از نور را مى مكد و بقيه اش را براى ما بر مى گرداند. و حقا كه اين كشف علمى هزار در از علم و اسرار فيزيكى به روى آنها گشوده است. و ليكن باب مدينه العلم مقصودم على عليه السلام است. بنابر روايات صحيحه پيامبر خدا صلى الله عليه و آله هزار در از علم به او آموخته كه از هر درى هزار در گشوده مى شود، و بسا اين فرمايشات معجزه آسا از آثار و فروع اين درها بوده كه دانشمند محقق از آنها هزار در كشف مى كند، و به خدا سوگند كه كسى كه در سخنان نورانى آن حضرت عليه السلام دقت و تامل نمايد، در صورتى كه بر فنون فلسفه احاطه و تسلط داشته باشد چشمه هايى از حكمت و دانش به روى او مى جوشد، و به صدق گفتار آن كسى كه درباره آن حضرت عليه السلام گفته: كلام على عليه السلام پائين تر از كلام خالق و برتر از كلام مخلوقين است پى مى برد.
و نيز آن حضرت عليه السلام در ضمن خطبه 202 نهج البلاغه در بيان حكمت آفرينش كوهها مى فرمايد:... فكسنت على حركتها من ان تميد باهلها، او تسيخ بحملها او تزول عن مواضعها...؛ ساكن شد زمين با حركاتى كه دارد از اين كه اهل خود را مضطرب كند، و يا آنان را فرو شود.
در كتاب الهيئه والاسلام آمده: اين دو جمله از خطبه، دو دليل روشن هستند بر حركت انتقالى زمين، در صورتى كه لفظ على در فقره اول به معناى مع باشد [ استعمال لفظ على به معناى مع شايع است، مانند قول خداى تعالى: الحمدلله الذى وهب لى على الكبر اسماعيل كه به معناى مع الكبر مى باشد. و نيز اين آيه شريفه: ويطمعون الطعام على حبه... كه به معناى مع حبه مى باشد "الهيئه والاسلام، ص 80". ] و معناى او تسيخ بحملها اين است كه وجود كوههاى سنگين بر روى زمين سبب شده تا زمين اهل خود را فرو نبرد.
و در تفسير او تزول عن مواضعها آورده: ظاهر اين كلام اين است كه زمين داراى حركاتى است در مدار خود؛ زيرا زمين بنابر آنچه كه متاخرين قائلند داراى مواضع بى شمارى است كه همه در مدار معين در مقابل بروج دوازده گانه است پس بنابراين، تفسير على حركتها تمام مى شود با حركت انتقالى ساليانه و اين كه كوهها و ريشه هاى كوهها حافظ هيئت اجزاء زمين هستند و مانع مى شوند از تفرق و اضطراب زمين و برطرف شدنش از مواضع خاصه اى كه در فلك مخصوصش دارد. دقت كنيد، كه آن حضرت براى زمين مواضعى معرفى نموده و پر واضح است كه بنابر هيئت قديم قائل به مركزيت و سكون زمين بوده اند اين فرمايش حكمت آميز هرگز معناى صادقى نداشت؛ زيرا چيزى كه ساكن باشد تنها يك موضع دارد نه مواضعى.