يکي از مراحل مهم تحقيق و خطيرترين آن، مرحله گزينش کتاب و متني است که قصد تحقيق و تصحيح آن در پيش است، به همين دليل مؤسسه، تجهيزات و وقت کافي، جهت اين امر را در اختيار محققان قرار داده است، زيرا ما در مقابل انبوهي از تراث اسلامي قرار داريم که داراي ابعاد گوناگون وغثّ و سمين است، به صورتي که يک اثر شامل مطالب غير مهم و پيش پاافتاده بوده و اثري ديگر حاوي مسائل ارزشمند و متعالي است. بنابراين منابع موجود از پيشينيان داراي مطالب مضر و مفيد و سقيم و سليم است، از اينرو بايد گروهي خبره و متبحّر و صاحب مهارت از اهل فن و متخصصان را برگزيد که با خبرگي و اطلاعات وسيع خويش، اولويتها را براي تحقيق و پژوهش، به صورتي شايسته و صميمي گزينش کنند که نيازهاي جامعه علمي و فرهنگي را برآورده سازد. و از سويي ديگر، آثار و تأليفاتي که موجب انحراف و انحطاط جامعه اسلامي است، از دائره تحقيق و پژوهش و از ميان متون و تراث اسلامي خارج سازند، بنابراين کتاب گزينش شده، بايد براي امت اسلامي مفيد باشد و به استحکام و استواري عقايد جامعه کمک کند.
پس از انتخاب کتاب موردنظر، گروه ارزياب مؤسسه، جستجوي گسترده خويش را جهت يافتن نسخههاي آن کتاب در فهارس نسخه هاي خطي کتابخانه ها آغاز مي کند و تعداد و شماره نسخه هاي را در ليستهاي مخصوص ثبت ميکند، سپس براي ارزيابي آن نسخ موجود وارد عمل ميشود و نسخه گزينش و ارزيابي شده را که از همه بهتر است انتخاب مينمايد. براي اين کار ضوابط و موازين و ملاکهايي وجود دارد که خبرگان گروه ارزياب و متخصصان فن آنها را به کار ميگيرند و از مهمترين اين ملاکها اين است که نسخه به خط خود مؤلف باشد و يا نزد مؤلف قرائت شده و يا در زمان خود وي استنساخ و مورد تأييد وي قرار گرفته باشد و يا اينکه با نسخه اصل مقابله و يا نزد علما استماع شده و يا از طرف مؤلف صحت آن تأييد گرديده و همچنين تاريخ نسخه و هويت استنساخکننده شناسايي و يا واقف آن در ترجيح و ارزيابي تأثير فراوان دارد.
از اين طريق مؤسسه، نسخههاي زيادي از کتابهاي مخطوط و نادر که در نوع خود منحصر بفرد هستند فراهم ساخته است که اصل فضل و دانش و متخصصان فن آنها را تأييد کرده و از نمونههاي آن ميتوان نسخههاي کتابهاي : وسائلالشيعه، مستدرک الوسائل، مستندالشيعه، رياضالمسائل که همگي به خط مؤلفانشان است را مثال زد و همچنين دو نسخه ارشاد شيخ مفيد که از گرانترين و نفيسترين نسخههاي موجود اين کتاب است.