حضرت آيت الله بهجت داراى تاءليفات متعددى در فقه واصول هستند كه خود براى چاپ اكثر آنها اقدام نكرده اند، و گاه به كسانى كه مى خواهندآنها را حتّى با غير وجوه شرعيه چاپ كنند، اجازه نمى دهند و مى فرمايند: هنوز بسيارى ازكتابهاى علماى بزرگ سالهاست كه به گونه خطى مانده است ، آنها را چاپ كنيد نوبتاينها دير نشده است .
فهرست عمده تاءليفات ايشان كه برخى نيز با اصرار و پشتكارى برخى ازشاگردانشان به چاپ رسيده ، عبارتند از:
1- رساله توضيح المسائل (فارسى و عربى ).
2- مناسك حجّ.
دو كتاب فوق توسّط برخى از فضلا بر اساس فتاوى ايشان تاءليف و پس از تاءييدآقا به چاپ رسيده است .
3- وسيلة النجاة .
اين كتاب در بردارنده نظرات فقهى ايشان در اكثر ابواب فقه است كه در متن وسيلةالنجاة آيت اللّه العظمى سيّد ابوالحسن اصفهانى قدّس سرّه گنجانده شده و نهايتاً جلدنخست آن با تاءييد ايشان به چاپ رسيده است .
4- جامع المسائل .
اين كتاب مجموعه حواشى ايشان بر كتاب « ذخيرة العباد » استادش آيت الله العظمى محمّدحسين غروى اصفهانى معروف به كمپانى ، و نيزتكميل آن تا آخر فقه مى باشد، كه قسمتهايى از آن ابتدا با نام « ذخيرة العباد » باحروفچينى نه چندان زيبا و در تعداد نسخه اندك در اختيار برخى از شاگردان و خواصّايشان قرار گرفت ، و بعداً جلد اوّل از اين مجموعه كه قرار است در پنج مجلّد به چاپبرسد، به خاطر كثرت فروع فقهى كه توسّط حضرت آيت اللّه بهجت براصل كتاب افزوده شده و جامعيّت آن « جامعُ المسائل » نام گرفته و به همّت برخى ازشاگردان ايشان به چاپ رسيد.(35)
1- جلد اوّل از كتاب صلوة .
آيت الله بهجت در اين كتاب با سبكى ويژه و تلخيص مطالب به ترتيب مباحث « جواهرالكلام » به بيان نظريّات نو و ابتكارى خويش پرداخته اند.
2- جلد اول از دوره اصول .
اين كتاب تقريباً به ترتيب « كفاية الاصول » نگارش يافته است ، و بارها توسّطايشان مورد مداقّه و تجديدنظر قرار گرفته ، و نظريّاتى نو در بسيارى از مباحثاصول را در بردارد.
3- تعليقه بر مناسك شيخ انصارى .
اين كتاب در بردارنده نظرات ايشان درباره مناسك حجّ مى باشد.
1- بقيّه مجلّدات دوره اصول .
2- حاشيه بر مكاسب شيخ انصارى .
كه به ترتيب مكاسب شيخ انصارى قدّس سرّه ازاوّل تا انجام ، و پس از اتمام آن ادامه مباحثى كه در مكاسب مطرح نشده بر اساس متن « شرائع الاسلام » نگارش يافته است ، ايشان در اين دوره از مباحث فقهى نظرات جديدىرا ارائه داده اند.
3- دوره طهارت .
در اين كتاب نيز آيت اللّه بهجت بسان دوره « كتاب الصلوة » به ترتيب مباحث « جواهرالكلام » با تلخيص و نوآورى نظرات خويش را مطرح نموده اند.
4- بقيّه مجلّدات دوره كتاب الصلوة .
همچنين ايشان در تاءليف سفينة البحار با مرحوم حاج شيخ عباس قمى عليهاالسّلامهمكارى داشته اند، و قسمت زيادى از سفينة البحار خطى ، به خط ايشان نوشته شده است.