پس از شهادت نواب صفوى، تشكيلات فدائيان اسلام كه قائم به شخص وى بود، از هم پاشيد و سرانجام در جريان اعتراضهاى مذهبى در دهه 1340 و تشكيل هياتهاى موتلفه، برخى از اعضاى فدائيان به موتلفه پيوستند . نيمه اول دهه چهل، دوران اوجگيرى فعاليتسياسى - مذهبى به ويژه رشد مخالفت علما با رژيم بود . شهامت، صراحت و قاطعيت آيت الله خمينى در ابراز مخالفتبا شاه، اعتراض به نفوذ بيگانگان و ... فعالان مذهبى را جسارت بخشيده و به فعاليت آنها رونق داد . دستهها و گروههاى مختلفى در بازار كه از ديرباز پيوندهاى نزديكى با روحانيون داشتند، فعاليتهاى خود را انسجام و نظم بخشيدند .
از جمله اين گروهها كه در سال 1342 تشكيل شده هياتهاى موتلفه اسلامى بود . اين جمعيت از ائتلاف سه گروه كه در بازار فعال بودند تشكيل مىشد . اين گروهها و يا هياتها عبارت بودند از:
1 . گروه مسجد امين الدوله (بازار دروازه)، چهرههاى موثر آن عبارت بودند از: حبيب الله عسگراولادى، حاج مهدى عراقى، حاج حبيب الله شفيق، مصطفى حائرى و ...
2 . هيات و ياگروه مسجد شيخ على كه اعضاى موثر آن عبارت بودند از: حاج صادق امانى، محمد صادق اسلامى، سيد اسدالله لاجوردى و ...
3 . گروه اصفهانىها كه چهرههاى موثر آن عبارت بودند از: حاج سيد علا الدين ميرمحمد صادقى، حاج مهدى بهادران، عزت الله خليلى و اسدالله بادامچيان . (29) بنابه اظهارات اسدالله بادامچيان: اين سه گروه در ابتدا هريك جداگانه فعاليت مىكردند و با امام خمينى در ارتباط بودند و امام اين سه گروه را با يكديگر آشنا و مرتبط ساخت . وى مىگويد: در يكى از روزهايى كه به قم مشرف شديم، خدمت امام رسيديم، امام فرمودند: شما همه در راه خدا و همهمان در راه خدا مىخواهيم كار كنيم، هر كداممان برادرانى همراه داريم، چرا جدا از هم كار كنيم، چرا با هم كار نكنيم شما اساسى ترتيب دهيد كه در ارتباط با هم خيلى جدىتر به كار ادامه بدهيد . (30) وجه تسميه نام تشكل دينى جمعيتيا هيات موتلفه هم به دليل ائتلاف اين سه گروه با يكديگر است .
اين هياتها پس از ائتلاف و به اصطلاح تشكيل جمعيت موتلفه، شورايى به نام شوراى روحانيت تشكيل مىدهند كه بر حركت و برنامههاى تشكل نظارت داشته باشد تا امرى مغاير با شرع و يا كارى كه بر اساس وظايف اسلامى نباشد، در جريان فعاليت انجام نشود . اعضاى اين شورا را موتلفه به محضر امام خمينى پيشنهاد كرده بود و امام آنان را تاييد كرده بودند . اعضاى اين شورا، آيت الله مطهرى، دكتر بهشتى، حجة الاسلام مولايى و آيت الله انوارى بودند . (31) يكى از اعضاى اين جمعيت اظهار مىدارد كه در واقع تعيين شوراى روحانيت هم با نظر و راى امام صورت گرفته است . از امام در همان اوايل سال 1342 خواستند كه جمعى از علما را معين فرمايند، تا اگر مشكل و مانعى در ارتباط با ايشان براى موتلفه پيش آمد، و يا خداى نكرده امام دستگير يا محصور شدند، نظر آنها براى موتلفه به منزله نظر امام باشد . (32) فعاليتسياسى جمعيت موتلفه اسلامى، منحصر به همان سالهاى اوليه تشكيل يعنى نيمه نخست دهه چهل است . سالهايى كه در ارتباط با امام خمينى و نيز تحت تاثير ايشان، فعاليت هياتهاى مذهبى رونق و تقريبا شدت گرفت . از مهمترين فعاليتهاى هياتهاى موتلفه، مخالفتبا لايحه انجمنهاى ايالتى و ولايتى است . به نظر آنان اين لايحه:
1 . با حذف قيد مذهب از شرايط نمايندگان 2 . حذف سوگند به قرآن در هنگام سوگند نمايندگان و جايگزينى آن با قسم به كتاب آسمانى 3 . دادن حق راى و حق نمايندگى و انتخاب شدن به زنان كوششى بود در جهت از رسميت انداختن اسلام . به نظر موتلفه، ماجراى انجمنهاى ايالتى و ولايتى در روز شنبه 10 آذر 1341 با پيروزى امام و روحانيتبه پايان رسيد و دولت اسدالله علم رسما اعلام كرد كه مصوبه 14/7/1341 قابل اجرا نيست .