يكى از مهمترين اقدامات سياسى موتلفه را مىتوان ترور حسنعلى منصور (33) نخست وزير وقت در اول بهمن 1343 ذكر كرد . ضارب جوانى به نام محمد بخارايى بود كه توط نيروهاى امنيتى دستگير شد . پس از دستگيرى محمد بخارايى، مامورين امنيتى چند تن ديگر از اعضاى موتلفه را كه در جريان ترور حسنعلى منصور دست داشتند، دستگير كردند .
اين افراد عبارت بودند از: مرتضى نيك نژاد، صادق امانى، حبيبالله عسگراولادى، مهدى عراقى و صفار هرندى، محمد بخارايى، صفار هرندى، مرتضى نيك نژاد و صادق امانى به اعدام محكوم شدند . و چند تن باقى مانده به زندان رفتند . (34) از اين پس فعاليتهاى موتلفه به دليل اعدام و نيز زندانى شدن برخى از اعضاى آن از رونق افتاد . از دلايل ديگر براى كاسته شدن از شدت فعاليت آنها، تبعيد امام از كشور بود كه عملا هياتهاى موتلفه را از وجود رهبرى توانمند كه در سايه رهنمودهاى او فعاليت مىكردند محروم ساخت . در فاصله سالهاى 1343 و 1349 موتلفه توانستبه صورتى پراكنده به حيات خود ادامه دهد و پس از انقلاب اعضاى جمعيت موتلفه اسلامى، جذب حزب جمهورى اسلامى شدند . پس از انحلال حزب جمهورى اسلامى، جمعيت موتلفه در اسفند ماه 1367، موافقت آيت الله خمينى را جهت گسترش فعاليتهايشان به دست آوردند و به همين نام كه مورد تاييد كميسيون ماده 10 احزاب در وزارت كشور هم قرار گرفت، به فعاليتخود ادامه دادهاند .
اگرچه فدائيان اسلام سركوب و به جوخههاى اعدام سپرده شدند ولى اين امر مانع از آن نشد كه ياد و خاطره آنان از ذهن مردم مسلمان حذف شود . آرمان آنان براى ايجاد حكومت اسلامى باقى ماند . اگرچه گروه فدائيان اسلام در پى حذف فيزيكى نواب صفوى، با اعمال زور از صحنه سياسى ايران حذف شد اما كمتر از ربع قرن بعد، انقلاب اسلامى به وقوع پيوست و نظام حكومتى نشات گرفته از آن، تحقق بخشيدن به خواست اصلى نواب صفوى يعنى اجراى احكام اسلامى را وجهه همتخويش ساخت و در اين راه به گونهاى عمل كرد كه حميد عنايت پس از بحثخود در مورد فدائيان اسلام آن هم به گونهاى كه حاكى از نظر وى مبنى بر تداوم موجوديت آنان از سال 1334 تا سال 1357 است نتيجه گرفت: فلسفه حقوقى رژيم انقلابى جمهورى اسلامى ايران را تا حد زيادى مىتوان به حساب برداشت فدائيان از عدالت اسلامى گذاشت . (35)
در دوره استبداد دهه 20 تا 40 حركت مسلحانه فدائيان اسلام از ويژگيهاى خاصى برخوردار بود و ماهيتا با حركت مسلحانه گروههاى چپ كه بعد از 15 خرداد در ايران شكل گرفت متفاوت بود . جنايت رژيم در كشتار 15خرداد و تبعيد حضرت امام در 13 آبانماه 1343 فقط يك سركوب خشن عليه ملت مسلمان و رهبرى آن نبود بلكه نتايجى ديگر را در ميان گروهها، احزاب و افراد سياسى و مبارز به جاى گذاشت . سرخوردگى از مبارزات را از يك سو و تغيير شيوه آن را از سوى ديگر به همراه داشت .
شهيد مبارز نواب صفوى، بيش از چهل سال پيش، با انتشار برنامه حكومت اسلامى، بنيانهاى حكومت ايدهآل مشروع دينى را به جامعه شناساند . اكثر مبارزين و جهادگران در سالهاى مبارزه با رژيم شاه، تفكراتشان تحت تاثير و نشات گرفته از حركتخالصانه، شجاعانه و قاطعانه فدائيان اسلام بود و شهادت نواب و يارانش، بيش از پيش اذهان مردم را روشن ساخت و بسيارى را به دنبال اين خط سرخ، به مبارزه با طاغوت كشاند .