فتحعلى شاه بار ديگر حسن على ميرزا شجاع السلطنه را به استاندارى
خراسان گماشت. او تا سال 1243 هـ.ق. در خراسان بود و در همه كارهاى خود با فرزندان ميرزا مهدى بويژه ميرزا هدايت اللّه مشورت مى كرد. او همواره از شكستهاى ايران در جنگ دوم با روس كه به قرارداد ننگين گلستان انجاميد شكوه داشت15 تا اين كه براى شركت در اين جنگ از خراسان فراخوانده شد.16 او هلاكو ميرزا پسر بزرگ خود را به جاى خود به سرپرستى استان خراسان و پسر سوم خود ارغون ميرزا را به حكومت سبزوار گمارد. در سال 1245هـ.ق. در پى آشوبها و شورشهاى محلى فتحعلى شاه احمد على ميرزا نوزدهمين پسر خود را به استاندارى خراسان برگمارد و او تا سال 1247 زمام امور اين استان را به دست داشت و در اين سال عباس ميرزا نايب السلطنه به فرمان پدرش فتحعلى شاه با حفظ مقام فرمانفرمايى آذربايجان جهت استقرار امنيت به خراسان آمد و در سال 1248 شورش هزاره هاى سرخس را سركوب كرد و سپس شهرهاى كاشمر جام باخرز قوچان و بجنورد را آرام ساخت و محمد خان قرائى حاكم تربت حيدريه رضاقلى خان ايلخانى زعفرانلو حاكم قوچان و چناران مهدى قلى خان برادر محمد خان قرا ئى جعفرقلى خان پسر نجفقلى خان شادلو و محمد تقى خان عرب ميش مست حاكم كاشمر را در 25 محرم 1249هـ.ق. به تهران فرستاد و در ارگ پايتخت آنان را زندانى كرد. با اين حركت اوضاع به كنترل درآمد او با كمال لياقت و كاردانى امنيت را به خراسان بازگرداند و اين امر انگليسيان را كه در پشت صحنه به خرابكارى مشغول بودند سخت به هراس و وحشت افكند.
عباس ميرزا در اوايل سال 1249هـ.ق. محمد ميرزا و خسرو ميرزا پسران خود را براى تسخير هرات فرستاد ولى خبر درگذشت عباس ميرزا در مشهد آنان را از ادامه محاصره هرات بازداشت و هر دو برادر به تهران بازگشتند.
پس از مرگ فتحعلى شاه در سال 1250هـ.ق. محمد ميرزا نوه فتحعلى شاه در شب يكشنبه هفتم رجب سال 1250 به سلطنت رسيد وى دو سال پس از تاج گذارى خود در 19 ربيع الثانى 1252هـ.ق براى سركوبى افاغنه عازم هرات شد و در 22 شعبان همان سال آن شهر را محاصره كرد و اين محاصره ده ماه به طول انجاميد. دخالت افسران انگليس مانع اين شد كه يار محمدخان حاكم هرات تسليم او شود و تهديدهاى انگليس و تشديد مسايل داخلى از جمله قيام آقاخان محلاّتى حاكم كرمان سبب شد وى در نهم جمادى الاول 1254هـ.ق. بدون اين كه به نتيجه اى دست يابد دست از محاصره هرات كشيد و به مركز بازگشت. او پس از 14 سال حكومت در سال 1264هـ.ق. درگذشت و ميرزا عسكرى فرزند ميرزا هدايت اللّه از علماى برجسته خراسان در تهران حضور يافت و بر جنازه وى نماز گزارد.
آغاز تلاش جاسوسهاى انگليس در خراسان
اهميّت سوق الجيشى خراسان موجب مى شد دولت انگليس مدام جاسوسهايى را در لباس جهانگرد به اين ديار بفرستد. يكى از آنان دكتر ژوزف ولف Dr.Joseph wolf جهانگرد يهودى است كه در آغاز ترك كيش نياكان خود گفت و به دين عيسى(ع) گرويد و كمر همت به تبليغ اين آيين بست.
ژوزف ولف در سال 1259هـ.ق. از انگلستان عازم ايران شد و يك سال بعد يعنى در سال 1260هـ.ق. همزمان با حاكميت آصف الدوله به شهر مشهد وارد گرديد. وى در سفرنامه خود مى نويسد: