كردن محقق كه از قول پدر شيخ بهايى نقل شده است1، بعيد به نظر نمىرسد؛ زيرا وى زمانى فوت كرد كه درصدد رجوع به ايران بود و مراجعت وى با اختيارات وسيعى كه شاه در فرمان دوم خود در سال 939 ق. به وى داده بود، خطر بزرگى براى قزلباشان محسوب مىگشت.
آنچه در رقابت علما و صوفيانِ قدرتمند، به كمك علما آمده و آنها را در صحنه سياسى حفظ مىكرد، حمايت شاهان صفوى از آنان بود. شاهان در رقابت بين علما و صوفيان قزلباش به دلايل مختلف ناچار بودند جانب علما را انتخاب كنند. گذشته از مشكلاتى كه قزلباشان براى دولت نو بنيادِ صفوى ايجاد مىكردند تا حدى كه رقابتهاى سرداران قزلباش حتى اين حكومت را تا لبه پرتگاه سقوط پيش برده بود، اصولاً تفكّر صوفى مآبانه به درد اداره جامعه نمىخورد؛ بهخصوص آن نوع تصوّفى كه قزلباشان مروج آن بودند، با روح مذهبى جامعه در تضاد بود. لذا بهطور طبيعى و به تدريج، دربار از تصوّف كناره گرفت و از سوى ديگر شاهان صفوى با رسمى كردن مذهب شيعه در ايران، بقاى خود را به دوام و استوارى اين مذهب وابسته كردند. تحكيمدولت صفوى بستگى زيادى به نفوذ تشيّع در ايران داشت، بهخصوص كه در جوار صفويان، دو قدرت مخالف به جنگهاى خود جلوه مذهبى داده بودند و به همين دليل شاهان صفوى براى تبليغ مبانى عقيدتى شيعه به علما نياز داشتند و اين نياز در رقابت با صوفيه به نفع علما تمام مىشد.
به هر حال برخورد علما و صوفيان بعدها نيز كم و بيش ادامه يافت و بالأخره اين صوفيان بودند كه در جامعه منزوى شدند و ديگر هرگز نتوانستند اوج و اعتبار گذشته خود را در ايران باز يابند.
1. خوانسارى، روضات الجنات، ج 4، ص 372.