قبل از آنكه به آثار وى اشاره كنيم، لازم است تا به اختصار به مكتب فقهى او توجه نماييم. بهطور كلى مكتب فقهى كركى از دو نظر با فقه دورههاى پيشين تفاوت دارد: يكى آنكه او با قدرت علمى خويش مبانى فقه را مستحكم ساخت. مشخصه عمده فقه او استدلالهاى قوى در هر بحث است. او، هم براهين نظريات مخالف را به نحو عميق و دقيق مطرح ساخته و هم نظر خود را در هر مورد با استدلال محكم به كرسى نشانده است. مشخصه ديگر فقه كركى بذل توجه به پارهاى از مسائل است كه تغيير سيستم حكومتى و به قدرت رسيدن شيعه در ايران به وجود آورده بود؛ مسائلى از قبيل حدود اختيارات فقيه، نماز جمعه، خراج، مقاسمه و نظاير آن كه پيشتر از آن، به علت عدم ابتلا جاى مهمى در فقه نداشتند و اكنون مورد توجه بسيار قرار مىگرفت. كركى شخصاً اين مسائل را در آثار فقهى خود به تفصيل مورد بحث قرار داد و در برخى از آنها رسائل مستقلى نوشته است.
بسيارى از فقهاى شيعه، پس از كركى تا پايان دوره صفوى، متأثر از روش فقهى او بودهاند، چون مجموعه حقوقى عميق و متين او را با استدلالهاى قوى و محكم پيش روى خود داشتند. فاضل هندى، آقا حسين خوانسارى، آقا جمال خوانسارى، سلطان العلماء، شيخ بهايى و حسين بن عبدالصمد پدر شيخ بهايى و ميرداماد از شاگردان مكتب فقهى او محسوب مىشوند1. القابى كه فقها به وى دادهاند بيانگر مقام رفيع فقهى و علمى كركى است؛ او را محقق ثانى، خاتمالمجتهدين لقب دادهاند و بزرگان فقهاى شيعه سلسله اجازات خود را به او ملحق مىكنند.
1. مدرس طباطبائى، زمين در فقه اسلامى، ج 1، ص 66.