وجوب و يا عدم وجوب جهاد از مسائلى است كه مورد بحث محقق قرار مىگيرد. به اعتقاد ايشان، جنگ در راه خدا به شرط وجود امام يا نماينده وى واجب است، چنانكه مىگويد:
وفرضه على الكفاية بشرط وجود الامام او من نصبه للجهاد1؛
جهاد به شرط وجود امام يا نمايندهاى كه ايشان براى جهاد منصوب كرده واجب كفايى است.
وجوب جهاد همچون بيشتر واجباتى كه از زندگى جمعى ناشى مىشود وجوب كفايى است؛ يعنى بر همه واجدين شرايط واجب است كه در جنگ شركت كنند و چنانچه برخى در حد نياز شركت كردند وجوب آن از ديگران ساقط مىشود. محقق دو مورد را متذكر مىشود كه در آن دو مورد، جهاد واجب عينى است، چنانكه مىگويد:
ولا يتعيّن الا ان يعينه الامام لإقتضاء المصلحة او لقصور القائمين عن الدفع الا بالاجتماع او يعيّنه على نفسه بنذرٍ وشبهه2؛
1. همان، ص232.