عصر روز 13 رجب 1327 هجري قمري شيخ فضلاللّه نوري را به ميدان توپخانه آوردند و در برابر چشمان هزاران نفر از مردم كه بسياري آشكارا اشك ميريختند او را حاضر براي اعدام كردند. گروهي از مردم شديداً عصباني و ناراحت بودند اما جرات نميكردند واكنشي از خود بروز دهند. برعكس گروهي از ارازل و اوباش كه به شدت از طرف مخالفين شيخ تحريك ميشدند مدام كف ميزدند.
رهبر اين گروه خيره و گستاخ، يپرم خان ارمني، رئيس شهرباني بود. وي مردم را تحريك ميكرد تا بر عليه شيخ فضلاللّه شعار بدهند. او از ترس اينكه مردم بساط آنها را بر هم نزنند مرتباً شعار ميداد و اوباش را تحريك ميكرد تا كف بزنند و هورا را بكشند.
شيخ را در كنار طناب دار آوردند. يكي از رجال كشور با عجله خود را به شيخ رساند و گفت اگر همين حالا هم شما مشروطه را امضا كني آزاد ميشوي!
شيخ در جواب گفت: من هرگز اين مشروطه را امضأ نميكنم.
در اين هنگام عمامه را از سر شيخ برداشتند.
شيخ فضلاللّه گفت: اين عمامه را از سر من برداشتند از سر همه برخواهند داشت.
يوسف خان ارمني كه عمامه را از سر شيخ برداشته بود طناب دار را به گردن شيخ انداخت سپس چهارپايه را از زير پاي شيخ كشيد... ديگر همه چيز تمام شد.
بعد از اعدام شيخ فضلاللّه نوري هر روز از ارج و منزلت علمأ و روحانيون كاسته شد. ارازل و تبهكاران، هرجا كه سيد و شيخ و خلاصه عمامه به سري ميديدند، اسائه ادب ميكردند. خواه اين روحاني طرفدار مشروطه بود و يا مخالفت مشروطه و خواه بيطرف. اكنون وقت تصفيه حساب با دين و اسلام و تشيع فرا رسيده بود. انگليس و روس و عثماني كه از عمامه به سرها صدمات زيادي ديده بودند بخصوص انگليس كه از لغو قرارداد "رژي" سخت سرافكنده شده و شكست ذلتباري خورده و در كشور و در منطقه بياعتبار شده بود، اينك فرصتي بدستش آمده بود كه از اسلام و روحانيت انتقام بگيرد.