انگليسيها اعدام او را ميخواستند و يپريمخان ارمني را به اين كار تشويق كردند. قصدشان اين بود كه مجازات شيخ فضلاللّه علني و آشكار باشد تا موجب عبرت مردم گردد. ميخواستند كاري كنند كه علمأ و روحانيت ديگر مجالي براي دخالت در امور كشور نداشته باشند و اصولاً زمينهاي براي مبارزات سياسي كه لاجرم منافع نامشروع استكبار جهاني را به خطر مياندازد، براي علمأ باقي نماند. تا قدرتهاي سلطهگر نفس راحتي بكشند و راه پيشبرد و مطامع دشمنان اسلام در ايران باز باشد و هر كاري آنها بخواهند انجام دهند. وقتي روحانيت را اينگونه از دور خارج كردند غيرروحاني را به تسليم وادار كردن كار دشواري نيست.14
پس از شهادت شيخ فضلاللّه، علماي مشروطهخواه و ياران شيخ مانند حاج خمامي از علمأ و مجتهدان گيلان، با گلولؤ مشروطهخواهان از پاي درآمد. همچنين فاضل قزويني و آقا شيخ جليل سنقري و آقا ميرزا محسن خاتون آبادي و آقا ميرزا ابراهيم خويي و برخي سادات سرخاب و محله شتربانان تبريز به شهادت رسيدند.15
سيد ميرهاشم تبريزي رئيس انجمن اسلاميه تبريز در ميدان توپخانه تهران در سن 45 سالگي به دار آويخته شد.16
عجيب اينكه پس از اعدام شيخ فضلاللّه، عوامل استكبار كه از علمأ و روحانيون ناراضي بودند و اصولاً علما را مخالف سلطه اربابان خود ميديدند در سال 1328 هجري قمري يعني يكسال پس از اعدام شيخ، مرحوم آيتاللّه سيد عبداللّه بهبهاني از پيشتازان انقلاب مشروطيت را هم كشتند. رهبر گروهي كه سيد عبداللّه را به شهادت رساندند حيدر عمو اوغلي بود. هدايت اين گروه را كه به "كميتؤ دهشت" معروف شد تقيزاده به عهده داشت.17
اتهام سيد عبداللّه بهبهاني مخالفت با اصول مشروطه نبود بلكه سيد عبداللّه با سكولاريسم مخالف بود. نهضتي كه پس از انقلاب مشروطه توسط ايادي انگليس در ايران به راه افتاده بود و حرث و نسل را از بين ميبرد، سكولاريسم بود كه داشت با سرعت فراگير ميشد. اين بار سيدعبداللّه در مسير سكولاريسم ايستاده بود. او را هم بايد از پيش رو برميداشتند.
ناامني، هرج و مرج، نااميدي، ارعاب، تهديد، قتل ضرب و جرح و دزدي... از يكطرف، ملكوك كردن افراد موثر و محترم، انتشار شبنامه و روزنامه بر عليه رجال و شخصيتهاي روحاني و غيرروحاني چنان وضع آشفتهاي در كشور به وجود آورده بود و چنان سايه شوم ياس و ابر بدبيني و بيديني بر همهجا گسترده شده بود كه ديگر كسي جرات اسم بردن از مشروطؤ مشروعه جرات دفاع از اسلام و تمسّك به اسلام و اجراي مراسم اسلامي را نداشت.18
نخستين حملات روشنفكران وابسته و فرنگيمابان دينفروش و سكولارهاي وطني كه ابتدا متوجه قليلي از روحانيت بود رفته رفته بالا گرفت. اما پس از شهادت شيخ فضلاللّه، با طرح شعار جدايي دين از سياست!! تمامي روحانيون را هدف تيرهاي زهرآگين خود كردند.