در تحليل انديشه حكومتي و سياسي امام در اين مقطع و در كشف الاسرار چند نكته قابل ذكر است:
1ـ اگر كسي بر اين باور باشد كه انديشه حكومتي و سياسي امام خميني در طول عمرشان تغييري نكرده، كافي است جملات و نظرگاه فوق را در كنار ديدگاه حضرتشان در مقطع دوم (1348) و در كتاب ولايت فقيه ببيند كه فرمودند «سلطنت و ولايتعهدي همان طرز حكومت شوم و باطلي است كه حضرت سيدالشهدا(ع) براي جلوگيري از برقراري آن قيام فرمود و شهيد شد. براي اينكه زير بار ولايتعهدي يزيد نرود و سلطنت او را به رسميت نشناسد، قيام فرمود و همه مسلمانان را به قيام دعوت كرد. اينها از اسلام نيست. اسلام، سلطنت و ولايتعهدي ندارد.»3
اين نكات ميرساند كه نه تنها ديدگاه امام خميني در سال 1348 نسبت به سال 1332 تغيير نموده، بلكه اين تحول به تبديل و تعويض مباني نظري انجاميده است. در يك جا بر اين باورند كه مخالفت با سلاطين، مخالفت با همان اشخاص بوده و با اصل اساس سلطنت تا كنون مخالفتي از سوي علما نشده است و در جاي ديگر معتقدند كه "اسلام سلطنت و ولايتعهدي ندارد و اينها از اسلام نيست.»
2ـ زمان و مكان بر انديشه سياسي امام تأثير جدي داشت.4 ميدانيم كه در سالهايي كه كشف الاسرار به رشته تحرير درآمد، امام خميني در جايگاه رهبري نهضت و زعامت عامه قرار ندارند. نقش امام در آن ايام به عنوان يكي از مدرسين حوزه علميه قم، دفاع از دين و پاسخگويي به شبهات وارده بود. نه اينكه ملاحظه و طرح حكومت و تعيين نقش زمامداران اسلامي و نيازهاي حكومت اسلامي در عمل. اما ديدگاه امام در مقطع دوم و مثلاً در سال 1348 در جايگاه رهبري نهضت ضداستبدادي و ضداستعماري است و لذا به راحتي ميبينيد كه تا نظام سلطنتي، نظامي مشروع تلقي ميگردد، تلاشها و مبارزات ره به جايي نميبرد و حداكثر حاصل آن خواهد بود كه به اصلاحات و تغييرات جزئي در اوضاع منجر شود و تغيير بنيادين، تغيير در مبادي و مباني نظام سياسي را ميطلبد، لذاست كه در اين زمان نظام سلطنتي را نامشروع و نظام بر مبناي ولايت فقيه را نظام مشروع اسلامي ميداند و معرفي ميكند. در زمان تأسيس حكومت اسلامي تحت عنوان جمهوري اسلامي ايران نيز به اينجا ميرسند كه در اِعمال ولايت، از ولايت مطلقه فقيه به صورت جدي و شفاف دفاع نمايند.
3ـ در مقطع اول امام(ره) مدافع حكومت اسلامي بر مبناي نظريه نظارتي فقيهاند و در مقطع دوم (1348 به بعد) مدافع ولايت مطلقه فقيه.